Отряд, двинувшийся в верховье Сырдарьи, взял Бенакет на р. Ангрен, и подступил к Ходженту. Сам Чингиз-хан, взяв Нур, подошел к Бухаре весной 1220 г. После взятия Бухары монгольское войско пошло на Самарканд, который после недельной осады был взят.

Через год 300 тыс. отряд монголов был направлен в Хоросан для преследования Хорезм-шаха Мухаммеда. Монгольский отряд прошел всю Персию до Азербайджана и Каспийского моря, но Хорезм-шах скрылся на одном из островов, где умер в 1221 г.

Чингиз-хан, покорив Термез в 1220 г., отправился на покорение Хорезма, где 100 тыс. воинов начали осаду столицы Гургандж и захватили ее.

В 1221 г. Чингиз-хан переправился через Амударью и преследуя Джелал-Эддина, сына Хорезм-шаха Мухаммеда, дошел до берегов Инда. Возвратившись из Индии, Чингиз-хан провел зиму в Самарканде, в 1225 г. вернулся в Монголию, где в 1227 г. умер во время похода на Тангут.

После нашествия монголов на Туркестан земли Мавераннахра в междуречье Сырдарьи и Амударьи были покинуты населением и заброшены. Позднейшие смуты между наследниками – сыновьями Чингиз-хана также мешали возрождению Туркестана.

Наследником главной орды в Монголии и Тарбагатае был определен Угэдей. Хорезм, казахские степи и часть Семиречья достались, после смерти Джучи, его сыну Батыю и старшему брату Батыя – Орде; Мавераннахр и Восточный Туркестан – Джагатаю, а Хорасан – сыну Тулуя, Хулагу. Эти владения постоянно дробились между чингизидами, менялись их границы, что зависело от усиления власти того или иного наследника.

В результате вторжения монголов в Дешт-и-Кипчак в XIII в. он был включен в удел старшего сына Чингиз-хана Джучи, т. е. в Золотую Орду. После Куликовской битвы (1380 г.), когда русским полководцем Дмитрием Донским был нанесен сокрушительный удар монгольским войскам, начался распад Золотой Орды.

Восточная часть улуса Джучи (Белая Орда) была разделена между его сыновьями Ордой и Шейбаном. Последнему принадлежала территория к северу от Сырдарьи, между реками Яик (Урал), Иртыш и Чу.

В Орде в середине XIV в. начался период «великой замятки», когда ханы менялись с каледоскопической быстротой. Золотая Орда начинает распадатся.

Монгольская империя, объединявшаяся вначале сильной властью, способствовала возрождению торговли между западом и востоком через Туркестан, где важными торговыми пунктами были Отрар, Алмалык, Каялык. Стали развиватсья торговые связи России со Средней Азией. Русские удельные князья ездили в Орду за ярлыками на правление. Они также принимали участие в походах монголов против их врагов. Русские ремесленники, служилые и торговые люди находились на службе у великого хана (кагана). Монгольское государство недолго оставалось единым. Уже при кагане Хубилае, избранном на курултае, чингизиды правили в Китае, Индокитае и Монголии, а на остальных завоеванных территориях власть кагана была номинальной[8].

С приходом монголов в Дешт-и-Кипчак происходит их смешивание с местными тюркскими племенами. Племена удела Шейбана и мангыты (ногайцы) – монгольское племя, отделившиеся от Золотой Орды в период междоусобиц, откочевали на земли между устьем Волги и Дона, частью к низовьям Сырдарьи, где смешались с местными тюркскими племенами. В эпоху Тимура и Тимуридов они стали известны в Средней Азии под именем кочевых узбеков. В XV в. началось их объединение под главенством потомка Чингиз-хана из рода Шейбана Абулхайр-хана (1428–1468). Он был возведен на престол в одном из городов Сибири представителями рода Шейбана, казахами и мангытами[9].

Абулхайр-хан овладел укреплениями на Сырдарье – Сыгнаком, Сузаком и др. В 1448 г. он совершил набег на Мавераннахр и разрушил Самарканд. После смерти Абулхайр-хана в 1458 г. его государство распалось. Его внук Шейбани, которого поддержало племя мангытов, владевших крепостями на Сырдарье, укрепив свою власть в Дешт-и-Кипчаке, начинает борьбу за Мавераннахр и Хорасан. В 1499–1510 гг. он завоевывает государство Тимуридов и занимает Бухару, Самарканд, Ургенч, Герат, Кандагар, т. е. всю территорию Мавераннахра и Хорасана. Памирские княжества подчинялись ему номинально. Военный поход против горных племен Герата сильно ослабил войска Шейбани-хана.