Ненадолго ситуация стабилизировалась, но во время Великой схизмы запада национальный конфликт разгорелся с новой силой. Немецкая община выступала за папу Григория XII и противилась созыву Собора. Чехи при поддержке короля Богемии (который был обязан Собору своей короной) сумели воспользоваться случаем и добились подписания Кутногорского декрета, по которому большинство голосов в университете отныне принадлежало им. Несколько сот недовольных немецких преподавателей и студентов покинули Прагу и основали университет в Лейпциге.

Осенью 1409 года ректором Карлова университета становится Ян Гус, популярный проповедник, часто критикующий католическую церковь. И хотя сам Гус считал себя ее верным сторонником, но против него были выдвинуты обвинение в ереси и изгнании немцев из университета. После относительно недолгого процесса Гуса сожгли на костре.

Из-за вспыхнувших следом волнений и военного поражения гуситов были фактически закрыты все факультеты кроме факультета свободных искусств. Поток студентов из-за границы почти прекратился. Карлов университет превратился из имперской сокровищницы знаний в сугубо местное национальное учебное заведение.

В бурях исторических потрясений антиинтеллектуальный дух все сильнее овладевали умами мыслителей позднего средневековья. Кардинал, папский легат, князь-епископ и генеральный викарий Папской области Николай Кузанский атакует Аристотеля, заявляя, что лишь тщеславные глупцы могут считать этого грека глубокомысленным. Свои воззрения Николай Кузанский строит на широчайшем фундаменте Платона, неоплатоников и средневековых мистиков. Схоластика порицается как «учёное незнание», которому противопоставляется «незнание умное». Нет более совершенного постижения, чем явить высшую умудрённость в собственном незнании. Среди полусотни трудов Николая Кузанского мы встречаем такие как «Об учёном незнании», «Апология учёного незнания» и три «Книги простеца». Со страниц трактатов, написанных в лучших схоластических традициях, звучат призывы отказаться от схоластических аргументов и пользоваться лишь текстом Библии.

Доходит до того, что даже в парижском университете начинают порицать ссылки на Аристотеля. Рациональное богословие возвращается на путь святого неведения.

Но мир уже изменился. Теология теперь окончательно отделена от философии, и если в вопросах богословия рациональные построения признаются нежелательными, то в других областях знания ограничений для разума становится меньше. Споря с Аристотелем, Николай Кузанский выдвигает весьма смелые и невероятные по тем временам концепции. Почти за два века до Галилея он утверждает, что вселенная безгранична и не имеет центра, что все точки вселенной равноправны, что все движения и покой относительны, что ни Земля, ни Солнце не покоятся, что другие миры могут быть населены, что все тела воздействуют друг на друга через пространство.

В пылу всех этих непрекращающихся интеллектуальных сражений дух образования бессильно чахнет. Классическая схоластика буквально растерзала саму себя. Томисты выдохлись в своих умствованиях, а оккамисты увязли в объяснениях значений слов, но и те, и другие отчаянно продолжали спорить. Мистические построения Николая Кузанского, казалось бы, могли обновить схоластику, но на их основе едва ли возможно построить учебную программу. В университетах пытаются продолжать обучать студентов по старинке, но теперь это вызывает лишь насмешки. Сложнейшие интеллектуальные построения прошлых веков теперь кажутся лишь пустословием.