Для митрополита Сергия (Воскресенского) первые два года войны стали временем, когда последовательно, хотя и безуспешно, проводившаяся им вместе с митрополитом Сергием (Страгородским) в СССР политика, основывавшаяся на идее возможности союза церковной иерархии с любым государством и на любых условиях, стала приносить громадные плоды на территории, оккупированной войсками нацистской Германии. Оставшись, вероятно, вопреки желанию советских военных властей и с согласия митрополита Сергия (Страгородского) в захваченной немецкими войсками Риге, митрополит Сергий (Воскресенский) после четырехдневного ареста не только вернулся к своей архипастырской деятельности, но и в ноябре 1941 г. был признан немецкими властями главой Русской Православной Церкви в Прибалтике и на Северо-Западе, сохранив при этом формальное каноническое подчинение митрополиту Сергию (Страгородскому). Причиной столь благожелательного отношения немецких военных властей к митрополиту Сергию (Воскресенскому), еще недавно воспринимавшемуся даже многими представителями прибалтийского духовенства в качестве агента НКВД, стали как его заявления о безоговорочной лояльности немецкому оккупационному режиму, так и составленная им записка «церковь В СССР перед войной». Эта записка, представившая исчерпывающую картину состояния церковной жизни в СССР к началу 1940-х гг., стала уникальным свидетельством о положении церкви в условиях коммунистических гонений, сравнимым по глубине анализа и обоснованности своих выводов лишь с «Посланием соловецких епископов» 1926 г. Однако, если «Послание соловецких епископов» предлагало программу развития церковной жизни в рамках тех экклезиологических и церковно-политических принципов, которых придерживались церковные иерарх и в дальнейшем находившиеся в оппозиции политике митрополита Сергия (Страгородского), то записка митрополита Сергия (Воскресенского) подводила объективные и далеко неутешительные итоги результатов именно той политики, которая проводилась обоими митрополитами Сергиями на протяжении предшествующих лет.

«Большевики поставили себе целью уничтожить христианство, – писал митрополит Сергий (Воскресенский). – … Это ясно всякому, кто отдает себе отчет в сатанинской сущности большевизма… Свои удары большевизм направил на все стороны церковной жизни. Он разогнал, сослал, истребил почти все духовенство и выделявшихся своей церковной работой мирян; закрыл все монастыри и почти все храмы; ликвидировал все учебные и благотворительные учреждения Церкви; экспроприировал церковные имущества; запретил церковную печать; лишил верующих права вести религиозную пропаганду, т. е. права защищать и распространять свою веру; организовал и повел неистовую пропаганду безбожия… Посильно замедлить, затормозить предпринятое большевиками разрушение Церкви всегда было главной задачей Патриархии. Она стремилась оградить догматическую чистоту и каноническую верность Православия, одолеть схизмы, сохранить канонически законное преемство высшей церковной власти, удержать канонически законное положение Российской Церкви среди прочих автокефальных Церквей и довести, таким образом, Церковь до лучшего будущего, когда, после крушения большевизма, Церковь могла бы вновь воспрянуть. Чтобы работать над выполнением этой задачи, Патриархии, прежде всего, надлежало сохранить собственное существование, которому грозила большая опасность… Ценой политической декларации митрополита Сергия была куплена легализация Патриархии и освобождение Церкви от обновленческого засилия. По этому типу строились и в дальнейшем отношения между Патриархией и Советской властью. Когда большевики требовали от митрополита Сергия каких-либо политических шагов, то он принимал их требования лишь под условием тех или иных послаблений Церкви… Согласившись на компромисс, на какие-либо уступки Церкви, большевики затем обманывали Патриархию, делая эти уступки иллюзорными… Нужно сказать, что и самая легализация Патриархии не оправдала на практике тех ожиданий, которые первоначально на нее возлагались. Легализована была не Православная Церковь как целое, а именно лишь Патриархия… Работая в Патриархии, мы сравнивали свое положение с положением кур в садке, из которого повар выхватывает свою очередную жертву – одну сегодня, другую завтра, но не всех сразу. Мы прекрасно сознавали, что большевики терпят существование Патриархии только ради собственных выгод, преимущественно пропагандных, и что нам приходится быть почти бессильными зрителями постепенного удушения Церкви большевиками. Но, ради церкви, мы все же мирились со своим унизительным положением, веря в ее конечную непобедимость и стараясь посильно сохранить ее до лучших времен, до крушения большевизма… Но все наши усилия, страдания и унижения окажутся, конечно, напрасными, если безбожный большевизм не падет. С его падением связаны все надежды православных русских людей. Верю, что Господь этих надежд наших не посрамит».