12 декабря 1904 г. был опубликован указ «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка» пункт шестой которого требовал пересмотреть существовавшие в Империи законы о правах староверов, а также лиц, принадлежавших к инославным и иноверным исповеданиям. Для выполнения требований, изложенных в шестом пункте указа, было организовано особое Совещание министров и председателей департаментов Государственного Совета. Его члены, прежде всего руководитель – председатель Комитета министров Витте прекрасно понимали, что разрешать вопрос о расширении прав иноверных невозможно без учета интересов Православной Церкви.

Испросив у царя разрешение на обсуждение в Комитете министров и церковных дел, Витте в начале 1905 г. стал готовить необходимые для обсуждения материалы. Ничего удивительного в том, что вопрос первоначально предполагалось обсудить не в Св. Синоде, а в Особом Совещании, не было. Россия не являлась светским государством, и ее правительство управляло и деятельностью Православной Церкви. Церковь управлялась государством, и это не могло способствовать укреплению ее влияния на общество, особенно в начале ХХ века, когда доверие к государственной власти и уважение к монарху быстро шло на убыль.

К февралю 1905 г. профессора столичной духовной академии подготовили для Витте записку «О современном положении Православной Церкви», которая и положила начало официального обсуждения на правительственном уровне вопроса о церковной реформе. Смысл записки был прост: предлагалось вернуться к прежним каноническим нормам управления в Церкви. Тогда же, в феврале, появилась и записка митрополита Антония, приглашенного Витте к участию в Совещании – «Вопросы о желательных преобразованиях в постановке у нас Православной Церкви». Именно с того времени и началась практическая подготовка Поместного Собора.

17 марта, Св. Синод выслушал решение Государя и «во исполнение Высочайшей воли» признал необходимым пересмотреть существовавшее в России государственное положение Православной Церкви, – «ввиду изменившегося положения инославных исповеданий». Св. Синод полагал необходимым ввести в свой состав, наряду с постоянными, поочередно вызываемых иерархов Русской Церкви и возглавить ее Патриархом. В Москве предполагалось созвать Поместный Собор из всех епархиальных епископов или их представителей и обсудить на нем принципиальные вопросы церковной жизни: о разделении России на церковные округа, управляемые митрополитами; о пересмотре законоположений об органах епархиального управления и суда; о реформе прихода; об усовершенствовании духовных школ; о пересмотре законов о церковной собственности; о епархиальных съездах; о праве иерархов участвовать в заседаниях Государственного совета и Комитета министров, а рядового духовенства – в местных городских, сельских и земских учреждениях при рассмотрении вопросов, затрагивавших интересы Церкви. 22 марта 1905 г. документ подписали все члены Св. Синода.

18 марта члены Синода составили и подписали специальное обращение к Государю, в котором благодарили его за почин – разрешение рассмотреть дело церковных преобразований. Иерархи, таким образом, выставили инициатором реформ самого Николая II. Складывавшаяся ситуация возмутила обер-прокурора Св. Синода Константина Победоносцева, который доказывал самодержцу, что время для реформ выбрано неудачно, что реформа «изобретена» честолюбивым митрополитом Антонием, что движению практически никто из «простых русских людей» не сочувствует и т. д. Победоносцев сумел получить у Императора резолюцию, которая приостанавливала начавшуюся было реформу. Однако в этой резолюции Император обещал дать делу реформы ход, «когда наступит благоприятное время». Оставалось только ждать. Церковная реформа получила официальное право если не на проведение, то на обсуждение.