В ХХI веке новый (в ряду многих по этому делу) состав суда, после получения председательствующим дела в своё производство, направил уголовное дело прокурору области для производства дополнительного расследования. Основанием послужило то, что уголовное дело по обвинению Клюева органами предварительного следствия прекращено за недоказанностью ещё 16 апреля 1999 года. Данный факт исключал уголовное преследование подсудимого и лишал суд возможности принять решение по существу дела без обращения уголовного дела к доследованию. Возможно, в связи с прекращением уголовного дела остались без исполнения органами предварительного расследования указания по этому делу областного суда, Верховного Суда Российской Федерации от 27 января 1997 года, а также Президиума Верховного Суда Российской Федерации от 6 августа 1997 года.

В результате чего дело имело многолетний затяжной, волокитный характер. Конкретное обоснование любого из всего двух возможных решений о (не)виновности представляло непреодолимую сложность весьма длительное время, в течение которого Клюев содержался под стражей в тюрьме. Арестант имел учёные степень и звание, будучи человеком науки и ни в чём предосудительном замечен не был. Был женат и воспитывал детей. После разлада с женой оказался надолго в тюремном заключении, но никаких компромиссов по поводу своей невиновности с органами следствия не допускал. Через пять лет семь месяцев и девять дней предварительного заключения Клюев добился в судебных инстанциях своего освобождения из-под стражи под залог.

Рассмотрев в закрытом судебном заседании уголовное дело по существу, областной суд в составе председательствующего судьи и двух народных заседателей признал Клюева виновным в совершении некоторых преступлений из инкриминируемых ему деяний. При этом ограничился наказанием, равным предварительному содержанию под стражей в тюрьме, освободив его от отбывания наказания в порядке пункта 2 части 6 статьи 302 УПК РФ[4].

Одновременно с этим председательствующий по делу – судья в порядке части 5 статьи 301 УПК РФ остался при своём особом мнении по постановленному приговору и письменно изложил его в совещательной комнате (исходя из запрета законодателя, содержание особого мнения не раскрывается).

Руководитель судебного заседания подписал приговор последним, что видно из подлинника приговора, который провозгласила в зале суда одна из двух других судей, участвовавших в рассмотрении уголовного дела.

Судебная коллегия по уголовным делам Верховного Суда Российской Федерации приговор областного суда изменила, исключив осуждение Клюева по эпизодам, по которым к тому времени (после вынесения приговора) истекли сроки давности и по эпизодам, по которым прокурор отказалась от обвинения за отсутствием события преступления, прекратив дело в этой части. В остальной части приговор оставлен без изменения, а кассационные жалобы Клюева без удовлетворения[5].

Так закончилась долголетняя и сложная, в то же время уникальная история этого уголовного дела и зрелая часть жизни и судьбы профессора Клюева, никак не ожидавшего особого мнения. Публично выразившего суду свою личную признательность и благодарность за принципиальное соблюдение его прав и свобод, особенно – презумпции невиновности.

Что касается особого мнения, то вступлением приговора в законную силу поставленная цель осуществления правосудия была достигнута. При всей своей процессуальной ничтожности особое мнение выразило должное, категорически противоречащее основному принципиальному выводу в приговоре как сущему. Вышестоящая судебная инстанция в составе трёх профессиональных судей Верховного Суда Российской Федерации высказала своё законное мнение, приведённое выше. При этом строгая законность судебной процедуры осуждения Клюева не вызвала никаких сомнений высокой инстанции, что и указано в соответствующем судебном решении.