В 90-е годы продолжились антироссийские выступления ультраправых с требованием к правительству добиваться возврата «северных территорий»: инциденты включали «партизанские атаки» (прорыв на грузовике к зданию министерства юстиции в июне 1999 г., покушение на директора школы в Осаке). В 1999 г. полиция арестовала 1348 ультраправых (за 1012 нарушений), включая 10 террористов, было изъято 79 стволов огнестрельного оружия. Однако японская полиция пытается подавить терроризм в первую очередь путем пресечения нелегальной активности ультраправых по сбору денежных средств.

Опасными антиобщественными организациями являются и ультралевые группы (Национальный Комитет Коммунистической Лиги, Революционная марксистская партия и др.), члены которых верят в победу коммунизма путем вооруженного свержения демократического общества. В их рядах в настоящее время находятся около 24 тыс. человек. Со дня образования в 1957 г. они совершали уличные вооруженные столкновения с применением бутылок с зажигательной смесью («коктейль Молотова»), взрывы и жестокие убийства, активно применяя бомбы с часовым механизмом и таймерные детонаторы. С 1990 г. ими было совершено 143 теракта в партизанском стиле, при этом погибли 3 и ранены 17 человек. В то же время они ведут незаконный сбор компромата на членов правительства и органы безопасности путем прослушивания разговоров, а также кражи документов: в 1998 г. полиция выявила, что их радиопереговоры прослушивались. Следует отметить, что в недавнем прошлом подрывной деятельностью занималась Японская компартия (КПЯ). Она и сейчас (будучи самой мощной компартией в капиталистическом мире, насчитывая в 1999 г. 370 тыс. членов и 49 мест в парламенте), все еще поддерживает политику, не исключающую возможность применения силы в процессе совершения революции, в зависимости от действий полиции и властей.[67]

В 1997–1998 гг. после захвата ряда высших дипломатических и должностных лиц в резиденции японского посла в Лиме очевидна стала необходимость активизации борьбы с международным терроризмом, в первую очередь с «Японской Красной Армией» (террористической организацией) доступными с доказательственной стороны правовыми средствами. Показательны аресты Токийским полицейским департаментом членов «JRA» А. Дайдодзи и затем Х. Мацуда за противоправное использование частного документа с поддельной печатью. Япония благодаря международному сотрудничеству добилась с 1995 г. ареста 9 членов «JRA»: так, в феврале 1997 г. власти Ливана взяли под арест членов Японской Красной Армии за подделку своих паспортов. В марте 2000 г. после окончания срока заключения японская полиция арестовала членов этой группы по их прибытию в Японию (за исключением К. Окамото, подозреваемого в участии в резне в аэропорту в Тель-Авиве в 1972 г., которому было предоставлено политическое убежище в Ливане). Однако, например, группа японских террористов, которая впервые за всю историю совершила захват самолета японской авиалинии «Едо-гоу» в марте 1970 г., все еще находится в Северной Корее, с правительством которой террористы поддерживают тесные связи.[68] Наконец, в ноябре 2001 г. в Японии задержана сама основательница «Японской Красной Армии» Фусако Сигенобу. С 1975 г. известная террористка разыскивалась Интерполом за организацию террактов, как диверсия в аэропорту Тель-Авива, когда были расстреляны свыше 20 и ранены около 80 мирных граждан. Как оказалось, последние несколько лет террористка проживала в Осаке, откуда не раз совершала поездки по фальшивому паспорту за границу, хотя полиция полагала, что она находится в Ливане. При задержании были конфискованы персональный компьютер, 1,3 млн йен и CD-диск, на котором полиция надеется найти ценную информацию. Арест основательницы ««JRA» на родине подтверждает версию о том, что террористы перестали получать международную поддержку, которая активно оказывалась крайне левым организациям после окончания «холодной войны». Таким образом, этот арест может стать решающим в деле ликвидации одной из старейших террористических организаций мира.