Некоторое время спустя киевский князь Изяслав, нареченный в святом крещении Димитрием, построил каменную церковь во имя святого своего покровителя и решил устроить при ней монастырь. В настоятели новой обители он взял печерского игумена Варлаама, ибо хотел возвысить свой монастырь выше Печерского, надеясь на силу богатства. Но, как говорится в «Повести временных лет», «много ведь монастырей цесарями, и боярами, и богачами поставлено, но не такие они, как те, которые поставлены слезами, постом, молитвою, бдением. Антоний ведь не имел ни золота, ни серебра, но достиг всего слезами и постом».

После того как игумен Варлаам перешел в обитель святого великомученика Димитрия, печерская братия вновь обратилась к преподобному Антонию, сказав ему: «Отче, поставь нам игумена!» Преподобный спросил их: «Кого хотите?» – «Кого хочет Бог и Пресвятая Богородица и ты, честный отче!» – ответили ему иноки. Тогда преподобный Антоний посоветовал им: «Кто из вас послушлив, кроток и смирен, тот да будет вам игуменом». Посовещавшись, братия признала таковым преподобного Феодосия. Преподобный Антоний согласился с их выбором, благословив преподобного Феодосия на игуменство.

После того как преподобный Феодосий стал игуменом, тщательно исполняя свое служение, братия Печерской обители умножилась до ста человек, желавших жить под духовным руководством преподобных Антония и Феодосия. Тогда преподобный Феодосий, видя умножение братии, решил устроить одновременно с пещерной и наземную обитель и вместе с братией пошел за советом к преподобному Антонию. «Отче, умножается братия, и мы бы хотели поставить монастырь», – сказали они преподобному Антонию. Преподобный Антоний с радостью одобрил эту идею, сказав: «Благословен Бог за все. Молитва Пресвятой Богородицы и угодников Святой горы да будет с вами и да поможет вам!»

Более того, он, вопреки своей склонности к безмолвию, решил деятельно помочь братии, обратившись к князю Изяславу. Один из иноков передал князю слова преподобного: «Христолюбивый князь, Бог умножает братию, место же наше тесно. Просим тебя – дай нам ту гору, что над пещерой!» Князь, увидев в этой просьбе благословение Божие, прислал своего боярина отвести им находящуюся над пещерой гору. На этой горе с благословения преподобного Антония преподобный Феодосий с братией построили большую деревянную церковь и украсили ее иконами. Затем рядом с церковью они построили множество келий, куда и переселились из пещер. Новоотстроенный монастырь был также окружен оградой. И преподобный Феодосий и братия свидетельствовали, что вся их деятельность по устройству обители совершалась благодаря молитве преподобного Антония.

Несмотря на свою любовь к уединению, преподобный Антоний усердно служил и братии, и богомольцам, приходившим в Печерскую обитель. Служение это было и внешним, и благодатным. Внешне преподобный Антоний ухаживал за болящими и одновременно благодатно исцелял их своей молитвой. При этом он старался избежать суетной похвалы, покрывая смиренномудрием дар исцелений, данный ему от Бога. Поэтому ту же траву, которой питался он сам, он благословлял и давал болящим, как лекарство. Отведав этого чудесного кушанья, большинство больных, за которыми ухаживал преподобный Антоний, исцелялись от всех недугов.

Но были у преподобного и тяжелые случаи, когда ему приходилось ухаживать за пострадавшими от бесовских искушений. Самый известный из них – преподобный Исаакий. Этот Исаакий, некогда богатый торопецкий купец, всем пылом души возжелав спасения, раздал все имущество нищим и постригся в Печерской обители. Став иноком, Исаакий занялся самым жестоким подвижничеством. Он не одевался в обычную иноческую одежду, но носил поверх власяницы свежесодранную козью шкуру, прилипшую к телу. Затворившись в малой пещерке, он питался через день одной просфорой и несколькими глотками воды. Спал он всего несколько часов в сутки, и то сидя. Проведя таким образом несколько лет, преподобный Исаакий впал в искушение. В образе Ангелов и Самого Христа ему явились бесы и сильно его измучили. После этого явления Исаакий никого не узнавал и не мог пошевелить ни рукой, ни ногой, как парализованный. Преподобный Антоний некоторое время ухаживал за преподобным Исаакием и молился о нем, но, даже несмотря на это, Исаакий долго оставался в таком расслабленном состоянии.