Он фактически оказался в лагере оппозиции и по возвращении в Петербург, проведя собственное расследование, выступил с разоблачениями деятельности Департамента полиции. В октябре 1906 года он подал министру внутренних дел П. А. Столыпину рапорт, в котором сообщал о том, что в помещении губернского жандармского управления печатались листовки с призывами к погромам, что полиция сама организует черносотенные банды и об их деятельности министр императорского двора В.Б.Фредерикс лично докладывает императору. Уволенный из министерства внутренних дел (и сам оказавшийся под наблюдением Департамента полиции), Лопухин пытался вступить в коллегию присяжных поверенных, но получил отказ. Занялся частной юридической практикой, а позже предпринимательством, учредив акционерное общество.

Ничего не добившись ни в суде, ни в Думе, вскоре распущенной Столыпиным, Лопухин результаты своих расследований изложил в книге «Из итогов служебного опыта. Настоящее и будущее русской полиции», изданной в 1907 году.

Имя А. А. Лопухина связывается в первую очередь с делом Е.Ф.Азефа, в разоблачении которого бывший директор Департамента полиции сыграл важную роль. Однако лидерам партии эсеров не хотелось верить в предательство руководителя Боевой организации. Пока шло разбирательство, Азеф отправился в Петербург к Лопухину с просьбой сохранить его тайну. Но Лопухин отказался брать на себя какие бы то ни было обязательства и, рассказал о визите Азефа лидерам эсеров.

Раскрывая тайного агента полиции, Лопухин знал, на что идёт. Он был арестован по обвинению в государственной измене (выдаче государственной тайны). В апреле 1909 года предстал перед судом. Процесс закончился отставкой ряда полицейских чиновников и осуждением Лопухина к 5 годам каторжных работ с лишением всех прав состояния.

После прихода к власти большевиков Лопухин некоторое время оставался в России; новая власть претензий к нему не имела, но в 1920 году всё-таки эмигрировал во Францию. Наверное, это был правильный шаг.

*Елизавета Фёдоровна (1864-1918) – принцесса Гессен-Дармштадтская; в супружестве великая княгиня царствующего дома Романовых. Основательница Марфо-Мариинской обители в Москве. Прославлена в лике святых Русской православной церкви в 1992 году.

Она была дочерью великого герцога Гессен-Дармштадтского Людвига IV и, внучкой английской королевы Виктории. Её младшая сестра Алиса позднее, в ноябре 1894 года, стала русской императрицей Александрой Фёдоровной.

За десять лет до этого Елизавета Фёдоровна вышла замуж за великого князя Сергея Александровича, брата российского императора Александра III. Супруг приходился Елизавете и двоюродным дядей, и четвероюродным братом.

У Сергея Александровича и Елизаветы Фёдоровны не было родных детей, они воспитывали детей брата Сергея Александровича, великого князя Павла Александровича, Марию и Дмитрия, чья мать скончалась в родах.

С началом русско-японской войны Елизавета Фёдоровна организовала Особый комитет помощи воинам, при котором в Большом Кремлёвском дворце был создан склад пожертвований в пользу воинов: там заготавливали бинты, шили одежду, собирали посылки, формировали походные церкви.

4 (17) февраля 1905 года её супруг был убит. Елизавета Фёдоровна тяжело переживала эту трагедию. Основала Марфо-Мариинскую обитель милосердия. Продав свои драгоценности, на вырученные деньги купила усадьбу с четырьмя домами и обширным садом. Сёстры обители занимались благотворительной и медицинской работой.

При создании обители был использован как русский православный, так и европейский опыт. Сёстры, жившие в обители, в отличие от монахинь, могли выйти из неё и создать семью. Открылись больница, амбулатория, аптека, где часть лекарств выдавали бесплатно, приют, бесплатная столовая и ещё множество учреждений.