Структурный анализ не только выявляет закономерности взаимосвязей компонентов системы, но и должен дать ответ на вопрос о степени сложности данной системы, т. е. о наличии в ней относительно самостоятельных подсистем, о том, на скольких уровнях располагаются составляющие систему компоненты и каков характер их взаимозависимости (координационный, субординационный или их сочетание).

Отмечая важную роль структурного анализа в рамках системной методологии, нельзя согласиться с его отождествлением с системным подходом в целом, как это допускается некоторыми авторами.[25] Подобное допущение нарушает принцип системности методологии научного познания.

Динамика существования системы раскрывается посредством функционального анализа. Поскольку исследуемый объект, с одной стороны, рассматривается как устойчивая и относительно самостоятельная система, а с другой – вполне очевидна его связь с окружающей его объективной реальностью, постольку и функциональный анализ имеет два аспекта – внутренний и внешний. Анализ внутреннего функционирования системы направлен на раскрытие механизма взаимодействия компонентов системы между собой, а анализ внешнего функционирования системы предполагает определение внешних функций системы, рассмотрение ее как элемента окружающей ее метасистемы. Внутреннее и внешнее функционирование тесно связаны между собой, так как внутреннее функционирование системы определяется не только ее компонентным составом и структурой, но и внешними целями системы, ее внешними функциями.

Соответственно этому функциональную зависимость можно рассматривать на двух уровнях: между отдельными элементами данной системы и между системой в целом и окружающей ее метасистемой. Функции элементов в системе должны носить целесообразный характер, так как иначе элемент выпадает из системы, становится внесистемным объектом. Функционирование элементов согласовано во времени и пространстве соответственно целям системы и осуществляется в рамках присущей системе внутренней организации, ее структуры. Поэтому любые изменения в компонентном составе, в свойствах компонентов, в структуре с необходимостью вызывают изменения в функционировании самих компонентов и всей системы в целом.

Различный характер взаимозависимости элементов системы проявляется на функциональном уровне в различном характере согласования функций элементов системы. Координация предполагает согласование функций элементов системы между собой (согласование по горизонтали). Субординация функций проистекает из факта нахождения компонентов системы на различных иерархических уровнях значимости и означает подчиненность функций одних компонентов системы другим (согласование по вертикали).

Внешнее функционирование системы представляет собой процесс взаимодействия системы с окружающей средой, в котором система активно воздействует на среду, одновременно воспринимая и перерабатывая ответные воздействия окружающего мира. В терминах системного подхода данные явления носят названия прямой и обратной связи и свойственны системам различного типа: биологическим, техническим, социальным. Результатом внешнего функционирования системы являются определенные изменения как внешней среды, так и самой системы в целом.

Рассмотренные выше компонентный, структурный и функциональный аспекты системного анализа предполагают анализ системы в текущий отрезок времени. В ряде отраслей знаний сочетание этих подходов является вполне достаточным в определенных гносеологических ситуациях. Однако для исследования явлений социально-правового характера необходимо дополнение указанных компонентов системного метода историческим анализом. «Если анализ динамики реального бытия системы преодолевает абстрактность компонентно-структурного анализа, то сам он остается в известной мере отвлеченным, ибо абстрагирует систему от ее реальной истории. Вот почему применительно к исследованию социальных объектов системный подход требует скрещения этих объектов анализа с историческим его аспектом…»