Содержание договора счета депо составляют следующие права и обязанности сторон.

По депозитарному договору кредитная организация обязана осуществлять хранение принятых от депонента ценных бумаг. Постановление ФКЦБ № 36 устанавливает требование об обособленном хранении ценных бумаг как от ценных бумаг, принадлежащих депозитарию, так и ценных бумаг каждого клиента. Приказ № 02-259, конкретизируя указанное требование, определяет два типа хранения ценных бумаг: открытое и закрытое. При открытом способе хранения на лицевом счете депонента учитывается только суммарное количество ценных бумаг без указания их индивидуальных признаков (таких как номер, серия, разряд) и без указания индивидуальных признаков удостоверяющих их сертификатов. Если ценные бумаги на данном лицевом счете находятся в открытом хранении, то депонент вправе отдавать депозитарию поручения только по отношению к определенному количеству ценных бумаг без указаний индивидуальных признаков. Такая форма обеспечения сохранности вещей, когда определяется только общий объем и наименование передаваемого на хранение имущества схожа с иррегулярным хранением. Отличает от данного типа хранения обязательное условие депозитарного договора о невозможности смешения ценных бумаг одного клиента с ценными бумагами другого клиента и депозитария.

Если способ хранения ценных бумаг для лицевого счета депонента определен как закрытый, то помимо суммарного количества ценных бумаг депозитарий обязан хранить справочник номеров, содержащий информацию, позволяющую идентифицировать, кто является владельцем конкретной ценной бумаги (ценных бумаг, удостоверенных конкретным сертификатом) и в каком конкретном месте хранения она находится. При закрытом способе хранения депозитарий обязуется исполнять поручения депонента в отношении любой конкретной ценной бумаги, учтенной на его счете депо (ценных бумаг, учтенных на его счете депо и удостоверенных конкретным сертификатом).

Действующее законодательство содержит повышенные требования к месту хранения ценных бумаг – это должно быть специализированное хранилище. Наличие данного правила во многом обуславливает включение в круг субъектов депозитарной деятельности кредитных организаций, для которых организация специализированных мест хранения является частью процесса обеспечения осуществления банковских операций.

В целях учета ценных бумаг и перехода прав на них депозитарий обязан открыть депоненту счет (счет депо). На данном счете отражаются принятые от депонента ценные бумаги (осуществляется учет ценных бумаг), а также операции (депозитарные операции) с ценными бумагами, осуществляемые по поручению клиента. Учет ценных бумаг на открытых счетах ведется в штуках. Депозитарий обязан отчитываться перед депонентом о совершенных депозитарных операциях путем представления выписок со счета. Дополнительно депозитарий обязан регистрировать обременения ценных бумаг депонентов залогом, а также иными правами третьих лиц.

Особую обязанность депозитария, выделенную в действующем законодательстве отдельной нормой, составляет обеспечение конфиденциальности информации о счетах депо депонентов (включая информацию о производимых операциях по счетам и иные сведения о клиентах, ставшие известными депозитарию в процессе осуществления депозитарной деятельности).

Основным правом депозитария является получение платы за оказываемые клиенту (депоненту) услуги по хранению и учету ценных бумаг и переходу прав на них, а также за оказание иных сопутствующих услуг: налоговых консультаций, консультаций о состоянии рынка ценных бумаг и т. п. Размер платы и порядок ее взимания определяется депозитарным договором. Депозитарий вправе остановить обслуживание клиента в случае наличия задолженности по оплате услуг депозитария до погашения такой задолженности.