Некоторые особенности имеет регламентация трудовых отношений на судне. Вопросы, касающиеся порядка приёма на работу членов экипажа судна, их прав и обязанностей, условий труда и его оплаты, а также порядка и оснований их увольнения, регулируются не только законодательством о труде, генеральными и отраслевыми тарифными соглашениями, коллективными и трудовыми договорами, но также и КТМ, уставами служб на судах и уставами о дисциплине. Принципиальное положение, действующее при решении вопроса о приёме на работу в качестве члена экипажа судна, заключается в том, что без согласия капитана никто не может быть принят на работу.

Существенные обязанности возлагаются на судовладельца. В частности, он обязан обеспечить членам экипажа судна безопасные условия труда, охрану их здоровья, наличие спасательных средств, бесперебойное снабжение продовольствием и водой, наличие необходимых помещений (кают, столовых, санитарных узлов, медицинских пунктов и помещений и кают для отдыха), культурно-бытовое обслуживание.

Ещё одна обязанность судовладельца связана со страхованием заработной платы и других причитающихся членам экипажа судна сумм, в том числе расходов на регистрацию, а также страхованием жизни и здоровья членов экипажа судна при исполнении ими трудовых обязанностей.

Широкие полномочия возложены на капитана судна. Он обязан управлять судном, в том числе осуществлять судовождение, принимать меры по обеспечению безопасности плавания судна, защите морской среды. В его обязанность входит поддержание порядка на судне. Для успешного выполнения этой обязанности, капитан судна наделён широкой дисциплинарной властью, заключающейся в его праве применять дисциплинарные поощрения и налагать взыскания на членов экипажа судна в порядке, предусмотренном в уставе о дисциплине. Кроме того, в случае необходимости, он вправе отстранять от исполнения служебных обязанностей любого члена экипажа судна.

На капитана судна также возлагается обязанность предотвращать причинения вреда находящимся на судне людям и грузу и вреда самому судну. Выполняя эту обязанность, он вправе изолировать лицо, действия которого не содержат признаков преступления, но создают угрозу безопасности судна или находящимся на нём людям и имуществу.

Ряд статей КТМ посвящён действиям капитана судна в экстренных ситуациях. Речь идёт, в частности, о его полномочиях в районе военных действий, об оказании помощи терпящим бедствие на море, оказании помощи после столкновения судов, оказании нуждающимся неотложной медицинской помощи, о разрешении членам экипажа оставить судно, когда ему грозит неминуемая гибель. В случае военных действий в районе расположении порта отправления или порта назначения судна, либо в районе, через который судно должно пройти, а также в иных случаях военной опасности капитан судна обязан предпринять все меры по недопущению уничтожения, повреждения и захвата судна, находящихся на нём людей, документов, грузов и другого имущества.

В соответствии со ст. 62 КТМ, капитан судна должен оказывать помощь любому лицу, терпящему бедствие на море, если при этом не будут подвергнуты серьёзной опасности управляемое им судно и находящиеся на нём люди. За нарушение указанного требования закона установлена уголовная ответственность по уголовному законодательству РФ.

При столкновении судов капитан каждого из судов обязан оказать помощь другому судну, его пассажирам и членам экипажа, если не существует серьёзной опасности для своих пассажиров, членов экипажа судна и своего судна. В случае, если находящемуся на борту лицу необходима неотложная медицинская помощь, которая не может быть оказана во время нахождения судна в открытом море, капитан судна обязан зайти в ближайший порт или принять меры по доставке такого лица в ближайший порт, с извещением об этом судовладельца.