Таким образом, налоговые органы для целей применения пункта 1 статьи 54.1 НК РФ должны доказать совокупность следующих обстоятельств: существо искажения (то есть в чем конкретно оно выразилось); причинную связь между действиями налогоплательщика и допущенными искажениями; умышленный характер действий налогоплательщика (его должностных лиц), выразившихся в сознательном искажении сведений о фактах хозяйственной жизни (совокупности таких фактов), об объектах налогообложения, подлежащих отражению в налоговом и (или) бухгалтерском учете либо налоговой отчетности налогоплательщика в целях уменьшения налогоплательщиком налоговой базы и (или) суммы подлежащего уплате налога; потери бюджета.

Согласно пункту 2 статьи 54.1 НК РФ при отсутствии обстоятельств, предусмотренных пунктом 1 указанной статьи, по имевшим место сделкам (операциям) налогоплательщик вправе уменьшить налоговую базу и (или) сумму подлежащего уплате налога в соответствии с правилами соответствующей главы части второй НК РФ при соблюдении одновременно следующих двух условий:

1) основной целью совершения сделки (операции) не являются неуплата (неполная уплата) и (или) зачет (возврат) суммы налога;

2) обязательство по сделке (операции) исполнено лицом, являющимся стороной договора, заключенного с налогоплательщиком, и (или) лицом, которому обязательство по исполнению сделки (операции) передано по договору или закону.

Налоговым органам следует учитывать, что пункт 2 указанной статьи содержит условия, только при соблюдении которых у налогоплательщика появляется право учесть расходы и вычеты по имевшим место сделкам, то есть установление факта нарушения налогоплательщиком данных условий является отдельным обстоятельством, при наличии которого налоговый орган отказывает налогоплательщику в учете расходов и вычетов. При этом налоговый орган отказывает налогоплательщику в учете расходов и вычетов при выявлении фактов нарушения хотя бы одного из установленных в пункте 2 статьи 54.1 НК РФ условий (подпункт 1 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ, если имеются доказательства наличия у налогоплательщика основной цели совершения сделки (операции) – неуплата (неполная уплата) и (или) зачет (возврат) налога (сбора), и (или) подпункт 2 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ, если материалы проверки свидетельствуют, что товар (работа, услуга) исходят от иного лица, а не от заявленного контрагента).

Подпунктом 1 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ установлен запрет для налогоплательщика уменьшать налоговую базу и (или) сумму подлежащего уплате налога в случае, когда основной целью совершения сделки (операции) являются неуплата (неполная уплата) и (или) зачет (возврат) суммы налога. В этой связи основной целью сделки должна быть конкретная разумная хозяйственная (деловая) цель, а не налоговая экономия. Примером такой сделки может служить бизнес-решение, не свойственное предпринимательскому обороту (присоединение компании с накопленным убытком без актива при отсутствии экономического обоснования и т. п.) и которое не может быть обосновано с точки зрения предпринимательского риска, фактически совершенное не в своем интересе, а в интересах иного лица с целью его скрытого финансирования.

В подпункте 2 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ законодатель фактически ограничил право учесть расходы и вычеты по сделке при исполнении ее лицом, не указанным в первичных документах.

Таким образом, в рамках применения положений подпунктов 1 и 2 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ налоговому органу следует доказывать, что основной целью заключения налогоплательщиком сделки (операции) являлось не получение результатов предпринимательской деятельности, а получение налоговой экономии (при выявлении фактов несоблюдения условий, указанных в подпункте 1 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ), и (или), что сделка (операция) не исполнена заявленным контрагентом и налогоплательщик использовал формальный документооборот в целях неправомерного учета расходов и заявления налоговых вычетов по спорной сделке (операции) (при выявлении фактов несоблюдения условий, установленных в подпункте 2 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ).