Деликатный и взвешенный подход А.О. Маковельского позволил провести грань между «пифагорейцами» (по которым есть источники) и самим Пифагором (по которому источников практически нет). Отсутствие источников по Пифагору как раз свидетельствует в пользу реальности Пифагора: общество пифагорейцев было закрытом, соответственно, часть знаний носила эзотеричный характер. Закрытые общества были характерными для Др. Востока, а не для полисов Эллады, что само по себе свидетельствует в пользу пребывания Пифагора в дальних странах. Часть эзотеричных знаний подвергалась «утечке», и обнаруживалась спустя долгие годы в различных учениях «пифагорейцев», которые имели все основания приписывать их Пифагору (в собственной интерпретации). В результате возникала та самая смесь из вздорных идей с проблесками гениальности, которую фиксируют источники. Тем не менее, «можно думать, – отмечал Маковельский, – что основные идеи, в духе которых развивались все пифагорейские учения, идут от самого Пифагора» [Маковельский, 1999, с. 142].
Вопрос о том, была ли у Пифагора какая-либо «философия чисел», если никаких упоминаний об этом не было во времена Пифагора, Маковельский разрешил логическим путем. Если Пифагору не без оснований приписывают открытие несоизмеримости стороны квадрата с его диагональю и открытие гармоничных интервалов в музыке, то очевидно, что оба открытия однозначно выводят на «философию чисел» в том или ином виде. О том, что Пифагор запрещал разглашать знание об иррациональности чисел, тоже известно в виду того, что один из слушателей был исключен за этот проступок.
Реконструируемую философию самого Пифагора, не пифагорейцев, Маковельский разделял на две части: практическая – образ жизни закрытого общества (можно сказать, по типу «катаров» накануне возникновения христианства); теоретическая – эстетическая картина природы, соответствующая «чистому образу жизни». В реальной жизни пифагорейской общины образ жизни и теоретическое мировоззрение объединялись. «…Однако, мы не согласны и с теми, кто утверждает, что научное мировоззрение пифагорейцев не стоит ни в какой связи с их жизнепониманием. Связующим звеном между ними был эстетический момент, – писал Маковельский, – Научные открытия пифагорейцев в области гармоник привели их к построению математической эстетики. Основным положением этой эстетики было убеждение, что известные числовые отношения суть основные условия всякой красоты <…> Так, движение небесных светил становится в их глазах пляской светил вокруг мирового огня, сопровождаемой своеобразной музыкой (гармония сфер). Звёзды пляшут и играют, танцы и музыка – их постоянное занятие. Вообще всюду в природе господствует закономерность, гармония и красота» [Маковельский, 1999, с. 149]. Это поэтическое, казалось бы, изложение философии принадлежит не читателю Диогена Лаэртского, не писателю Э. Шюре, а профессиональному специалисту по части античного источниковедения.
«Какой же этический идеал вырос на почве пифагореизма? – пишет Маковельский. – Подчинение индивида целому, уважение к традиционным обычаям, почитание богов, родителей, начальства, наставников и старших, умение подчиняться, самообладание, строгое отношение к своим обязанностям, доходящая до самопожертвования верность по отношению к друзьям <…> Таким образом, пифагорейский союз был воспитательным институтом для выработки аристократии ума и характера» [Досократики, 1999, с. 139–140]. В отличие от многих других историков философии, Маковельский не создает из Пифагора образ борца против демоса и демократии, а указывает на