В 1587 г. произошел новый крупный конфликт Годунова с Шуйскими, которые вместе с другими боярами и митрополитом Дионисием в связи с несколькими неудачными беременностями царицы Ирины, сестры Б. Годунова, пытались добиться развода царя Федора Иоанновича с его женой с последующей новой женитьбой царя для рождения наследника. Податели прошения на эту тему слабоумному царю Федору потерпели крах и были репрессированы [том X, глава 1]. Василий Шуйский с 1587 г. находился в ссылке в Галиче. В 1591 г. Годунов, уже не видя опасности в Шуйских, возвратил их в Москву. С тех пор Шуйские в целом вели себя лояльно. В 1591 г. В. Шуйский вел следствие по делу царевича Дмитрия. В. И. Шуйский признал причиной смерти царевича несчастный случай. С этого же года был вновь введен в Боярскую думу. Затем был новгородским воеводой. С января 1605 г. назначен воеводой полка правой руки в походе против Лжедмитрия; одержал победу в битве при Добрыничах, но, не желая победы Годунова, своим бездействием дал самозванцу усилиться. После смерти Годунова пытался осуществить переворот, но был арестован и вместе с братьями отправлен в ссылку. В конце 1605 г. Лжедмитрий I вернул Шуйских в Москву, так как нуждался в боярской поддержке. В 1606 г. Василий Шуйский возглавил заговор против Лжедмитрия. Последний представитель рода Рюриковичей на российском престоле (том XI, глава 4; Википедия. Шуйский Василий Иванович; Лотман Л. М. Построчн. коммент., с. 219—220).

…Народ ушел вослед за Патриархом… – Имеется в виду патриарх Иов (ум. 1607), до 1587 г. – архиепископ Ростовский, с 1587 г. митрополит Московский, в 1589—1605 гг. – первый русский патриарх. Когда русская церковь стала самостоятельной и в России было учреждено патриаршество, царь Федор из трех кандидатур выбрал в качестве главы русского духовенства Иова. Иов активно содействовал воцарению Годунова. Иов во главе торжественного крестного хода явился к Годунову в Новодевичий монастырь и потребовал от него согласия занять царский трон. Секретарем Иова некоторое время был Григорий Отрепьев. Патриарх Иов в своих грамотах писал о Лжедмитрии: «Расстрига, ведомый вор, в мире звали его Юшком Богданов сын Отрепьев, жил у Романовых во дворе и заворовался. … Да и у меня, Иова Патриарха, во дворе для книжного письма побыл во дьяконах же. А после того сбежал с Москвы в Литву» (Википедия. Иов (патриарх Московский; Лотман Л. М. Построчн. коммент., с. 221).

Думные бояре – высший чин Боярской думы, жалуемый наиболее знатным боярам.

Боярская дума – совещательно-законодательное учреждение Московского государства, ведавшее управлением приказами, решавшее важные государственные дела, судебные и административные вопросы. Дума была подчинена царю, который по большей части участвовал в ее заседаниях в качестве председателя. Иногда в ее заседаниях принимали участие представители высшего духовенства. В период междуцарствия Боярская дума ведала всеми государственными делами.

Слова Bоротынского о поведении Годунова перед избранием («Но месяц уж протек, Как, затворясь…») основаны на указании Карамзина: «Где был Годунов и что делал? Заключился в монастыре с ceстрою, плакал и молился с нею… Казалось, что он, подобно ей, отверrнул мир» [том Х, глава 1].