За различные нарушения, связанные с ненадлежащим выполнением своих обязанностей профсоюзами как юридическими лицами, на должностных лиц профсоюза могут быть наложены административные взыскания, а сами профсоюзные организации привлечены к ответственности в качестве юридических лиц в рамках арбитражного процесса. Так, например, за нарушение сроков постановки на учет в налоговом органе или органе государственного внебюджетного фонда может быть наложен административный штраф на должностных лиц в размере от пяти до десяти минимальных размеров оплаты труда (ст. 15.3 КоАП РФ). Нарушение установленного срока подачи заявления о постановке на учет в налоговом органе или органе государственного внебюджетного фонда, сопряженное с ведением деятельности без постановки на учет в налоговом органе или органе государственного внебюджетного фонда, влечет наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от двадцати до тридцати минимальных размеров оплаты труда. Нарушение должностным лицом, ответственным за представление статистической информации, необходимой для проведения государственных статистических наблюдений, порядка ее представления, а равно представление недостоверной статистической информации влечет наложение административного штрафа в соответствии со статьей 13.19 КоАП РФ. Закон предусматривает также, административную ответственность за нарушение срока представления сведений об открытии и о закрытии счета в банке или иной кредитной организации (ст. 15.4.) и т. д. Чаще всего арбитражные суды рассматривают по заявлениям органов налоговых служб дела, связанным с нарушениями профсоюзами обязанностей по уплате налогов.

Отказ в регистрации профсоюза может быть обжалован в суд. По делам такого рода накоплена определенная судебная практика. Так, например, управление юстиции области отказало в регистрации общественного объединения – профсоюза безработных, работников частных предприятий и надомников Кузбасса. В обоснование своего решения оно сослалось на то, что указанный профсоюз фактически таковым не является, поскольку объединяет работников предприятий различных форм собственности и безработных, что не соответствует ст. 2 Закона о профсоюзах. Отказ управления юстиции области в регистрации общественного объединения профсоюза был признан ВС РФ незаконным. Суд в своем Определении № 81Г-99-24[9] указал, что Закон о профсоюзах запрещает органам юстиции осуществлять какой-либо контроль за деятельностью профсоюзов и отказывать им в регистрации. В следующем примере дело касалось попытки признания незаконной регистрации профсоюза работников надзорно-контрольных органов г. Владивостока (см. постатейный материал к ст. 10). Заместитель прокурора Приморского края 16 июля 1999 г. обратился в Приморский краевой суд с заявлением о признании незаконной регистрации Независимой профсоюзной организации работников надзорно-контрольных органов г. Владивостока и о запрете ее деятельности, ссылаясь на то, что при регистрации этой организации были допущены существенные нарушения, выразившиеся в том, что из восьми ее учредителей семеро являлись работниками Государственной инспекции труда по Приморскому краю, а один – Килин А. М. – во Владивостоке проживающим не значится; название «профсоюзная организация» не соответствует Федеральному закону «О профессиональных союзах, их правах и гарантиях деятельности», поскольку Независимая профсоюзная организация работников надзорно-контрольных и исполнительных органов г. Владивостока не является ни первичной организацией, действующей на одном предприятии, ни территориальным объединением первичных профсоюзных организаций; устав Независимой профсоюзной организации работников надзорно-контрольных и исполнительных органов г. Владивостока не содержит сведений о юридическом адресе организации, а в регистрационном свидетельстве значится не тот адрес, который указывается в официальных документах данной организации.