В IX в. Милет постигла та же судьба, что и Эфес. В связи с изменением береговой линии, порт оказался в нескольких километрах от моря. К моменту создания Оттоманской империи Милет был уже полностью заброшен.

В 1328 г. он попал под власть сельджуков, и на его месте осталась лишь бедная деревушка Палатия.

Раскопки на территории Милета начались на рубеже XIX и XX вв. Их проводил немецкий археолог Теодор Виганд. После войны работы в районе Милета продолжил Вернер Мюллер-Винер. В период первой археологической экспедиции была обнаружена часть города, построенная после разрушений 494 г. до н. э. В дальнейшем были открыты постройки времен Римской империи. Раскопки Милета начались в 1890-х гг., но пока удалось очистить только третью часть всего города.

Римский театр, вмещавший 15 тыс. человек, был построен во II в. н. э. на склоне единственного в городе холма на фундаменте более древнего греческого театра. Диаметр амфитеатра составляет 140 м, а высота – 30 м. На вершине холма над театром сохранились руины византийского замка (VIII в.). Оттуда открывается прекрасный вид на весь город, а также виднеющийся на западе за каналом холм – бывший остров Ладе.

Спускаясь по склону холма в сторону центра города, проходим мимо эллинистических гробниц и круглого основания, на котором стоял памятник, поставленный в ознаменование победы в морском сражении I в. до н. э. В то давнее время он стоял на берегу одной из четырех окружавших Милет бухт. По найденным на берегу двум каменным львам эту бухту называют «Львиный залив».

На берегу бухты построена колоннада, ведущая на восток к храму, посвященному Аполлону Дельфийскому, покровителю мореплавателей, судов и портов. Святилище Аполлона Дельфийского было основным местом поклонения паломников в Милете. Его построили еще в древние времена, а в эпоху эллинизма оно было реконструировано в дорическом стиле; в римский период портики переделали на коринфские. От него начиналась «Священная дорога», ведущая к храму Аполлона в Дидиме.

К югу от храма находится частично восстановленная Ионийская стоя (I в. н. э.), бани Капито (Capito) и гимнасий (I в. н. э.).

К востоку от «Священной дороги» был сооружен крупнейший в Милете фонтан, а к югу от него лежат руины византийской церкви (VI в.).

К западу от этой дороги все пространство до берега бухты занимала северная Агора. На ее южной окраине находится Булевтерий, воздвигнутый, по всей вероятности, при Антиохе Эпифании, сирийском царе (2-я половина II в. н. э.), а еще южнее – южная Агора (рыночную площадь, построенную в эпоху эллинизма). К западу от нее сохранились руины храма Серапия (III в. н. э.), а сразу за ним у подножия холма – бани Фаустины.

Термы Фаустины названы в честь жены императора Марка Аврелия: дар императора городу во 2-й половине II века н. э. Ансамбль терм довольно хорошо сохранился. Он лежит несколько изолированно от городской сети прямоугольных улиц.

Центральный двор терм был окружен коринфскими колоннами. В палестру – гимнастический зал – можно было пройти через аподитериум – зал для раздевания, где стояли статуи Муз (в настоящее время находятся в Музее Стамбула).

Из залов, относящихся непосредственно к баням, следует упомянуть фригидарий, украшенный скульптурами (в прошлом фонтаны центрального бассейна); кальдарий, который включал два зала, заканчивающиеся апсидами и снабженные подземной печью для подогрева воды; и тепидарий.

Большая же часть остальных зданий эллинской и римской эры скрыта за густыми зарослями колючего кустарника или под землей.

Неожиданностью на территории Милета является присутствие здания мечети. Ее в начале XV в. построил эмир Ментеше Ильяс-бей в благодарность за свое благополучное возвращение из плена у Тамерлана. Мечеть украшена мраморными плитами, очевидно, взятыми с античных руин. Это небольшое, увенчанное куполом изящное здание с одним минаретом. Когда-то при мечети существовали караван-сарай и медресе. Но сейчас на заросшем бурьяном дворе можно увидеть только в беспорядке стоящие и лежащие надгробные плиты.