Командованию пришлось эвакуировать соединения 15 воздушно-космических сил из Плесецка. Весь сентябрь шли ожесточенные бои под Пошехонье, Соколом, Вожегой, Белозерском, Коношей и Няндомой.

В окружении оказалось одиннадцать дивизий под Рыбинском. Они вели ожесточенные бои до самого конца месяца и в итоге большая часть смогли прорваться вдоль железнодорожных путей в сторону Октябрьского и Киземы.

26 сентября под Вологдой состоялось крупное бронетанковое сражение. Благодаря своевременно подошедшим с Котласа, Ухты, Кирова, Сыктывкара резервам и добровольным батальонам, а также скоординированным ударам 31 и 27 ракетной, 61, 15 и 45 воздушных армий, самоотверженным действиям бойцов 98 и 106 воздушно-десантных дивизий, 144 мотострелковой дивизии 20 армии удалось разорвать окружение и деблокировать части 20 армии под Рыбинском.

Уничтожить и захватить множество единиц боевой техники, взять в плен почти пятнадцать тысяч солдат противника и ударить по наступавшим бригадам в районе Вологды. Удалось решить исход битвы.

Новая мощная линия обороны в западной части страны начала складываться на пространстве между Казанью, Нижним Новгородом, Чебоксарами и Сыктывкаром. Уцелевшие части самой Москвы и области были почти в полной блокаде. В столице катастрофически не хватало воды, медикаментов, продуктов.

Подвергаясь постоянным воздушным налетам бомбардировщиков и беспилотников 17 и 3 воздушных армий противника, через Владимир, Кострому, Ковров в сторону Кирова и Казани круглосуточно продолжали идти облученные беженцы.

Единственные хорошие новости в сентябре приходили только с Кавказа. Под Краснодаром части 49 армии совместно с 42 и 136 мотострелковыми бригадами 58 армии, после массированных ударов 1, 27 авиадивизий, 16 авиабригады и 55 вертолетного полка 4 армии воздушно-космических сил нанесли крупное поражение врагу. Уничтожив две бронетанковые, Кинжальную и Дьявольскую, бригады из состава 1-пехотной дивизии США, они буквально сходу перешли в контрнаступление. Деблокировали Ростов-на-Дону.

14 сентября были освобождены от захватчиков Таганрог, Ейск, Темрюк, Анапа и Керчь. Долгожданную помощь и свежие резервы получили подразделения в Крыму.

К 20 сентября части 49 армии в ходе наступления освободили Миллерово, Каменск-Шахтинский, Луганск, Чертково, Серафимович, Лисичанск, Славянск. Ударили в тыл хозяйничающим под Воронежом и Борисоглебском бронетанковым бригадам альянса и моторизованным дивизиям 12 ударной армии. Получив активную поддержку от 16 воздушной армии, помогли обороняющимся дивизиям 20 и 1 армий, развивая наступление, двинулись на Харьков и Мариуполь.

В это же время подразделения 58 армии, получив подкрепления из Чеченской республики, Астрахани, Элисты и Ставрополя после мощной артподготовки 291 и 67 бригад и серии ударов 14 отдельного батальона, при поддержке 4 и 37 воздушной армии начали контрнаступление. Уже 14 сентября были освобождены вся территория Абхазия, Ереван, Евлах, Ахты. Удалось ликвидировать крупные вражеские группировки в районе Кутаиси, Тбилиси и Поти. В районе Аракса 19 и 136 мотострелковые бригады 58 армии соединились с подразделениями стражей исламской революции и специальной дивизией Кудс. Начали активно доукомплектовываться и пополняться подразделения республики Армения и Курдистанской автономии.

На Дальнем Востоке дела обстояли гораздо хуже. К середине месяца почти перестала существовать 35 армия, под Сковородино были разбиты 38 и 64 мотострелковые бригады. Стаи ударных беспилотников, состоящих преимущественно из Валькирий и Жнецов, уничтожили системы ПВО региона и методично расстреливали безнаказанно российские танки, БМП и солдат обеих бригад.