Жестокость, проявленная по отношению к юному Ласкарису, вызвала справедливое возмущение греков; но они ограничивались ропотом. Только горцы в окрестностях Никеи, простые и суровые люди, подняли знамя восстания и, встретив ребенка восьми или девяти лет, ослепшего от болезни, решили убедить себя, что это Ласкарис, принц, которого они поклялись защищать ценой своей жизни. Они перенесли его в свои горы, одели в императорские одежды, окружили охраной, оказывали ему все почести, положенные государю, и обещали отомстить за него, хотя этот ребенок, крайне изумленный, не понимал, о чем они говорили. Узнав об этом странном восстании, Палеолог послал войска против мятежников (1263). Их не смогли выбить из гор, но подкупили подарками, и после бегства ложного Ласкариса к туркам восстание угасло само собой.

По возвращении из похода против султана Икония Палеолог серьезно занялся вопросом снятия отлучения, наложенного на него Арсением. Он пытался всеми способами смягчить гнев патриарха. Он просил лишь назначить ему покаяние, которое он обещал исполнить, каким бы тяжким оно ни было. Император лично бросился к ногам святителя, но, несмотря на свои горячие мольбы, услышал лишь такие слова: «Сделайте то, что может искупить преступление, которое вы совершили». Непреклонный Арсений отказался указать способ искупления и лишь снизошел до того, чтобы произнести, что за великие преступления искупление должно быть суровым. «Неужели же, – сказал Палеолог, – я должен отречься от престола?» С этими словами он вынул свой меч и предложил или, казалось, предложил передать его патриарху. Патриарх протянул руку, чтобы взять этот символ власти, но император, не намеревавшийся платить так дорого за свое прощение, вложил меч обратно в ножны и продолжил свои мольбы. Тогда Арсений с негодованием удалился во внутренние покои, оставив у дверей умоляющего монарха (1263).

После этих унизительных попыток Михаил, отчаявшись смягчить непоколебимую твердость патриарха, громко жаловался на его суровость. Он созвал епископов и искусно дал им понять, что, если они не найдут канонического способа отпущения его грехов, он может найти более снисходительного судью в Риме. Епископы, испуганные этим, отправили послов к Арсению, чтобы смягчить его, но послы были плохо приняты, и им было поставлено в вину их потворство преступному князю. Собор низложил Арсения, и отряд солдат доставил его на маленький остров Проконнес, где никто не мог его видеть (1266). Герман, епископ Адрианопольский, человек образованный в гуманитарных науках, легкий и приятный в общении, с правильными нравами и добродетелями, лишенными суровости, занял византийский престол. Однако миролюбивые настроения нового патриарха не понравились большинству греков и увеличили число сторонников Арсения; Герман сам по себе не обладал достаточным авторитетом, чтобы простить императора. Он отрекся от своего нового сана в тот же год, когда был избран (1267), и удалился в небольшое жилище на берегу моря, решив провести там остаток своих дней в мире. Его преемником стал монах Иосиф, исповедник Палеолога. Осыпанный милостями государя, Иосиф снял анафему и позволил кающемуся вернуться в лоно церкви (1268). Первым условием, наложенным на узурпатора, было облегчение участи жертвы его амбиций. Он назначил несчастному Ласкарису богатое содержание, чтобы тот жил в роскоши в замке Дакибиза; и после примирения с Церковью он выражал князю самыми искренними словами и поступками свое глубокое сожаление и бесполезную нежность. Однако дух Арсения продолжал жить в многочисленных сторонниках, которых он имел среди монахов и духовенства, и Иосиф считался узурпатором.