Аллегорический метод появился где-то в I веке и первоначально сформировался как результат интуитивных поисков аналогичных закономерностей в явлениях разного рода. Его считали отражением или выражением нашим беспомощным умом какой-то одной и той же истины, более глубокой по смыслу. Метод аллегорий позволил связать воедино языческие истины с текстом Ветхого завета. За тысячу лет метод претерпел различные метаморфозы и стал главным в средневековом искусстве. Важной особенностью аллегорического метода является многозначность толкования. Для пояснения можно привести более близкий пример аллегорической интерпретации изображения Святого Георгия со змеем. Этот образ часто встречается в древнерусском искусстве.

У изображения, передающего легенду о схватке Святого Георгия с драконом, существует буквальный литературный смысл (Святой Георгий убил дракона). Но можно толковать этот образ и по-другому: как символ борьбы народа с вражескими захватчиками, как герб города Москвы времён Ивана III, как преодоление греха христианской душой, как символ борьбы церкви с язычеством. Все эти трактовки внес человек. Они возникли в результате некоторой «договорённости». Но может быть, как рассуждают толкователи, образу присущ ещё и тайный смысл, который надо выяснить?

В Библии наиболее важным стал считаться скрытый смысл, доступный не всем и получаемый в результате мистического озарения. В христианской традиции мистический опыт предполагает непосредственное общение с Богом. Диалог с Богом необязательно словесный. Некоторые считают, что такой диалог принципиально молчаливый. Главное, что на этот диалог требуется согласие Божье и его нельзя достигнуть односторонним усилием человека. Во время мистического озарения человеку открываются высшие истины. Такое толкование сходно с пифагорейским толкованием чисел, священных текстов в иудейской каббале, и даже аналогично интерпретациям алхимиков, пытавшимся выяснить скрытые, не видимые глазу свойства веществ.

Был ли Филон тем, кто «изобрёл» аллегорическое истолкование, мы не знаем. Скорее всего, для аллегорической интерпретации, как и для всякой большой идеи, невозможно указать начало.

Метод многозначности позволил Филону трактовать текст библейской книги Моисея о создании мира как историю души человека с момента её появления. Книгу Бытия Филон считает не только историей сотворения вселенной, но и рассказом о постепенном развитии, падении и последующем очищении души путём раскаяния. Как пример можно привести небольшой отрывок из комментариев Филона, где он объясняет значение начальных слов второй главы библейской книги Бытия:

«Так совершены небо и земля и всё воинство их»

Бытие 2:1.

В Библии (LXX), которой пользовался Филон Александрийский, в том месте, где канонический русский перевод даёт слово «воинство», стоит многозначное слово κοσμος. Одним из его значений является «порядок». Ещё одно значение этого слова – мир (космос). В каноническом русском переводе используется значение – «то, чем управляют, то, что ответственно за порядок» – воинство. Поэтому, по словам Библии, кроме самих земли и неба было создано то, что осуществляет их связь. Позднее, в Средние века, это место толковали как создание ангелов. Филон использует второе значение слова κοσμος, а именно «мир».

Филон сопоставил ум с небом, а чувственное восприятие с землёй. Космос («всё воинство») предложил считать в случае ума все «бестелесные вещи», идеи, что возникают в уме человека, а в случае чувственного восприятия – весь вещественный мир, познаваемый чувствами. Филон приписал библейским словам древнегреческое, близкое к Платонову, представление о мире: