Как я уже говорил, 15 лет после возвращения на государственную службу Наливкин служил в Министерстве народного просвещения. В 1884/85 г. Наливкин становится заведующим первой ташкентской русско-туземной школы («приходское училище для детей туземцев») и одновременно работает в качестве преподавателя сартовского и персидского языков в Туркестанской учительской семинарии, которая готовила учителей для работы с туземцами и переводчиков[82]. В 1886 г. им была составлена первая «Азбука для русско-мусульманских школ оседлого населения Туркестанского края», с помощью которой туземные дети могли обучаться русскому языку; год спустя на сартовском языке была издана «Сокращенная история России»[83]. С 1886 по 1888 г. Наливкин участвовал в качестве эксперта в развитии и распространении опыта устройства русско-туземных школ в различных регионах края. В августе 1888 г. Наливкин оставил должность в русско-туземной школе. В 1890 г. в Туркестане была учреждена должность 3-го инспектора народных училищ, в чьи исключительные обязанности входил надзор за всеми русско-туземными и – сделаю паузу, чтобы подчеркнуть – мусульманскими школами. Наливкин занял эту должность и проработал в ней до 1896 г., когда должность 3-го инспектора была упразднена. За это время он самым тщательным образом обследовал все мусульманские высшие школы в Туркестанском крае, описал их и предложил развернутый план реформирования. В 1896–1899 гг. Наливкин работает одним из трех районных инспекторов народных училищ в Самаркандской области, в его подчинение входят как туземные, так и русские школы учебного района.

Таким образом, Наливкин, у которого была заслуженная репутация «лучшего и почти единственного действительного знатока местного края»[84], несколько лет был именно тем человеком, который непосредственно руководил политикой русской власти в сфере туземного образования в масштабах всего Туркестанского генерал-губернаторства. В историографии деятельность Наливкина на этом поприще обычно характеризуется как «просветительская» и «прогрессивная»[85]. Однако саму образовательную политику российской власти историки характеризует часто как «великодержавно-шовинистическую» и «русификаторскую»[86]. Причем в этом несколько прямолинейном определении есть, безусловно, доля истины.

Наливкин, рассуждая в книге «Туземцы раньше и теперь» об этом периоде, пишет, что генерал-губернатор Розенбах создал секретную комиссию, чтобы выяснить, какой должна быть русская политика в сфере образования. Комиссия, в составе которой, судя по всему, был и Наливкин, пришла к выводу, что пока туземцы остаются мусульманами «успешная русификация» их невозможна, причем «не может быть даже и разговоров об обращении их в христианство», но, тем не менее, распространение знаний русского языка и общеобразовательных предметов желательно, так как оно послужит «постепенному интеллектуальному сближению с нами туземцев и к устранению предубеждений против нас». Однако, как признается Наливкин, «за спиной этих слов» все-таки стояли «надежды» некоторой части русского общества «…на возможность русификации инородцев путем распространения среди них знаний русского языка…»[87]. Наливкин вроде бы не был сторонником такой радикальной точки зрения, но его деятельность в качестве инспектора мусульманских учреждений и русско-туземных школ являлась, вне всякого сомнения, элементом колониальной политики. Будучи едва ли не единственным русским экспертом по мусульманскому образованию, он писал о его догматизме и схоластике, об отсутствии развивающих дисциплин и преподавательских методик, о примитивной организации учебного процесса и т. д.