Относительная либерализация советского режима приблизительно с середины 1960-х годов позволила литовским историкам более свободно выбирать темы исследований. В советское время за исключением проблематики, призванной служить упрочению идеологического базиса советской системы[36], с фактографической точки зрения, пожалуй, лучше всего были исследованы темы кириллизации литовской письменности (прежде всего обстоятельства введения и упразднения запрета на печать) и сопротивления литовского общества этой политике (издание литовских книг в Пруссии, их нелегальный ввоз и распространение и так далее)[37]. Значимость этой темы в литовской историографии того времени связана со стремлением историков отказаться от навязываемой идеологемы «дружбы народов», то есть с определенным интеллектуальным сопротивлением советской системе. Политика царской России в отношении недоминирующих национальных групп могла порождать у читателя аналогии с реалиями советского времени[38]. При этом следует признать, что подобная тема не была самой опасной для советского режима – в отличие от многих других проблем литовской истории Новейшего времени ее можно было исследовать, публиковать работы[39].
Начавшийся после провозглашения независимости Литвы в 1990 году (фактически – в 1988 году) процесс освобождения от идеологических ограничений оставил след и в историографии. В течение последующих десятилетий литовские историки опубликовали намного больше работ, посвященных истории Литвы в составе Российской империи, чем за весь более ранний период существования литовской профессиональной историографии. Рост количества работ был вызван ростом интереса общества к истории, а также ростом числа профессиональных историков-исследователей. У ученых появилась возможность переиздать более ранние работы, освободив их от обязательных в советское время цитат классиков марксизма-ленинизма, и опубликовать исследования, которые советская власть не пропускала в печать[40]. Политические перемены позволили историкам и в Литве, и в других странах постсоветского пространства исследовать новые темы, находившиеся в советское время фактически под запретом, в частности историю различных конфессий, а также российскую конфессиональную политику. Однако с точки зрения развития историографии важны не новые темы сами по себе, но концептуальные изменения.
Прежде всего следует отметить, что сохранилась очень сильная, сформировавшаяся в межвоенный период и развившаяся в советское время этноцентрическая концепция истории, согласно которой власти Российской империи понимаются как носители идей современного национализма, преследовавшие, начиная непосредственно после имевших место в начале XVIII века разделов Речи Посполитой, на территории Литвы основную цель – ассимиляцию литовцев