Отношения между генералами в Быхове и в Ставке были неоднозначными. Теоретически, конечно, Духонин стоял выше Корнилова, но Корнилов пользовался таким уважением в Могилеве, с которым Духонин не мог конкурировать. Офицеры в Ставке продолжали называть Корнилова Верховным, такой чести не удостаивался ни Керенский, действующий Верховный главнокомандующий, ни Духонин. С одной стороны, лишенные свободы ждали освобождения, а с другой – давали советы вышестоящему руководству, которые звучали как инструкции.

Корнилов настаивал на том, чтобы Ставка не сдавалась без боя, и давал следующие рекомендации Духонину:

«1. Расположите у Могилева один из чешских полков и один из польских.

2. Займите Оршу, Смоленск, Жлобин и Гомель при помощи польского корпуса и казачьей батареи.

3. Сконцентрируйте на линии Орша – Могилев – Жлобин все отряды Чехословацкого корпуса и одну или две самые лучшие казачьи дивизии под предлогом отправки в Петроград и Москву.

5. Снабдите Могилев и соседние окрестности винтовками, боеприпасами, пулеметами…

6. Наладьте тесную связь и придите к соглашению с атаманами Дона, Терека и Кубани…».

Это письмо очень интересное, если учесть, что Корнилов был не в курсе дела и не понимал, что многие военные, на которых он возлагал большие надежды, не будут бороться с большевиками. Важно обратить внимание на тот факт, что в это время Корнилов обдумывал лишь военные действия, не имея никакого политического оружия против большевиков.

Лукомский посылал инструкции Духонину, предлагая немедленно перевести Ставку в Киев. Там личная безопасность офицеров будет надежнее, а борьба с большевиками может продолжаться. Эту идея одобрил Дитерихс, но к полному согласию прийти так и не удалось, и Ставка продолжала бездействовать в самые решающие дни.

Ссора между Ставкой и большевиками произошла на почве разногласий по поводу мирных переговоров. Духонин не мог пойти на компромисс, а Ленин больше не собирался медлить. 20 ноября Ленин отдал приказ начальнику штаба начать мирные переговоры с врагом. Духонин, все еще не желающий давать категоричный отказ, получил два дня на обдумывание серьезных вопросов. Но затем он окончательно заявил, что не собирается принимать участия в переговорах на мирной конференции, что сделало его отставку неизбежной. Ленин назначил прапорщика Н. В. Крыленко Верховным главнокомандующим, Крыленко моментально собрал небольшой отряд, состоящий преимущественно из моряков, и направился в Могилев с целью захвата Ставки.

Крыленко покинул Петроград 24 ноября. На следующий день местный большевистский военный революционный комитет арестовал в Минске генерала Балуева. Отряд Крыленко подходил к Могилеву медленно, но без особой угрозы быть остановленным. Вплоть до последнего дня Духонин не мог решиться на серьезный шаг. Сопротивление становилось все более и более бесполезным, и солдаты отказывались выполнять приказы. Несмотря на приказ, мост на пути в Могилев так и не был взорван. Иностранцы, политики и некоторые офицеры покинули Могилев 2 декабря, за день до прибытия Крыленко. Духонин решил оставаться на месте.

Решение вопроса, что делать с заключенными в Быхове, становилось неотложным. Выбранный комиссар от казачьего соединения, В. В. Шапкин, обратился к Дитерихсу с предложением, чтобы Корнилова переправили в Донскую область, где бы он мог быть спасен. Дитерихс издал приказ об освобождении Корнилова и вместе с Шапкиным повез его к Духонину на подпись. Шапкин так описывает это событие:

«Мы застали Духонина одного в своем кабинете. Дитрихс молча передал ему приказ о переводе заключенных в Каменское на Дону. Прочитав его, Духонин какое-то время помедлил, но затем взял карандаш и решительно поставил свою подпись. Отдав бумагу обратно Дитерихсу, Духонин сказал: „Я только что подписал свой смертный приговор”».