Приближалось время, когда Меттерних в большей, чем Кобенцль, степени обеспечивал политику создания новой Австрийской империи. Во время же ее основания он всей своей душой был на стороне рейха – по крайней мере решительно возражал против признания Наполеона императором. Положа руку на сердце следует признать, что он отвергал большую часть политики Кобенцля. Если вице-канцлер считал германских князей «достойным сожаления приложением» к Франции, то Меттерних считал их повальное дезертирство из рейха «непостижимым». Если Кобенцль считал Наполеона укротителем революции, деятелем, с которым можно иметь дело, то Меттерних следовал доктрине Генца, усматривавшего в корсиканце инструмент революции. Если Кобенцль склонялся к осторожному сближению с Россией ради воздействия на Францию, то Меттерних выступал за всесторонние связи с ней с целью образования единого фронта против Франции. Короче говоря, Кобенцль стремился к примирению и миру, Меттерних же хотел войны. Возможно, Кобенцль отдавал себе отчет в этом, поскольку в инструкции от ноября 1803 года подчеркивал необходимость того, чтобы посол «был полностью согласен с нашими целями и действиями».

Упомянутая инструкция послужила наставлением общего характера для нового назначения Меттерниха – послом в Берлине. В сравнении с южногерманскими курфюршествами Саксония, придерживавшаяся нейтралитета, позволяла Клеменсу Лотару показать себя в выгодном свете. «Граф Меттерних молод, но тактичен», – отзывался о Клеменсе Колоредо. И в начале февраля 1803 года вопрос о назначении Меттерниха был решен. Назначение было вызвано тем, что Имперский эдикт нормализовал австро-российские отношения и повлек за собой перевод посла в Берлине, графа Филиппа Штадиона, в Санкт-Петербург. И снова хорошо известная бюрократическая волокита сыграла свою роль. Меттерних задержался в Дрездене на три месяца, несколько месяцев еще проводил отпуск в Охсенхаузене и лишь в ноябре отправился в прусскую столицу.

Первоначально от него требовалось влиять на позицию Пруссии в европейских делах. Нейтралитет этой державы в целом отвечал целям политики умиротворения, проводимой Кобенцлем. Меттерниху поручалось поддержать усилия Штадиона по формированию союза Австрии с Россией. Достигнуть этого было проще простого. Россия уже давно стремилась к такому союзу, так как политика Наполеона в отношении Германии полностью игнорировала ее установку на нейтрализацию германских курфюршеств. На этой почве между Россией и Францией возникала уйма конфликтов. Когда царь Александр предложил свое посредничество по совместному с французами решению в Вене спорных вопросов Австрии и Баварии, Наполеон направил это предложение на рассмотрение рейхстага в Регенсбурге, где пожелания России не были приняты во внимание. Когда Александр несколькими неделями позже осудил насильственный захват на территории Бадена бурбонского герцога Энгиенского, Наполеон объявил о том, что франко-российское посредничество в Германии закончено. Когда Россия направила по этому поводу протест в рейхстаг, за рассмотрение его осмелились высказаться только два представителя курфюршеств, опекаемых крупными державами (Ганновер, связанный с Англией, и Померания, связанная со Швецией). Самое большее, чего они добились, состояло в том, что вопрос с русским протестом был положен под сукно, вместо того чтобы быть отвергнутым сразу. Когда снова разразилась война между Францией и Англией, Наполеон занял Ганновер и свободные ганзейские города, чтобы воспрепятствовать торговле курфюршеств, расположенных между Эльбой и Вислой, с англичанами. Это было тоже вызовом России. Подобно другим наполеоновским креатурам – Батавской, Швейцарской и Цизальпинской республикам, – Германия была нейтральной только по названию. Теперь Россия была заинтересована больше всего в том, чтобы привлечь на свою сторону и Австрию, и Пруссию, то есть сформировать Третью коалицию.