Имперский эдикт заложил основы современной Германии не в смысле упрочения ее единства, а в смысле ликвидации остатков церковных и муниципальных средневековых институтов и распространения власти современных земельных правительств. Владения церкви были напрочь экспроприированы, а большинство имперских городов аннексировано, то есть подчинено политической власти светских князей более крупных государственных образований, которые отныне стали связующим звеном между этими городами и императором. Были и некоторые исключения, дань традициям прошлого и уступка практическим потребностям настоящего. Карл Теодор фон Дальберг, архиепископ выборного Майнца и главный канцлер империи, сохранил свой статус и получил в награду земли у Регенсбурга за сотрудничество с Наполеоном. Он и великий магистр ордена тевтонских рыцарей были единственными из правителей церковных владений, кто сохранил свои территории и власть. Сохранили свободу шесть городов: Аугсбург, Нюрнберг, Франкфурт, а также города Ганзейского союза – Любек, Бремен и Гамбург. На время перенесли бурю имперские рыцари, бароны и графы, потому что Бонапарт решил благоразумно придержать часть клиентуры для будущих распределений земель и имущества. А может, потому, что он еще не решил, каким образом реорганизовать третью Германию.

Для Австрии Имперский эдикт был неприемлем. Но сопротивляться ему было физически невозможно из-за обескровленной армии и пустой казны. Чтобы получить компенсацию за великое герцогство Тосканию, ей пришлось отказаться от своих претензий на Зальцбург, Берхтесгаден и Пассау, земли которых обеспечивали ей действительно надежную границу. Великое герцогство принадлежало брату Франциска Фердинанду, но это не гарантировало, как станет ясно позднее, постоянных связей его владений с Австрией. Хуже того, единственный способ обезопасить герцога Мадены состоял в отказе от Ортенау и Брайсгау, последних оплотов Австрии на Рейне и, по совпадению, территорий, где находились родовые имения матери Меттерниха. В компенсацию за них Австрия получила Трент и Бриксен в Южном Тироле. Это как-то восполняло потери в Италии, но не перевешивало утрат на Рейне. Изменения конституции рейха были еще более болезненными. Маркграф Бадена и герцог Вюртемберга заменили в коллегии выборщиков архиепископов Трира и Кельна, дополнительный избирательный округ был создан для Гессен-Касселя. В этом округе, так же, как и во всем рейхстаге, большинство теперь составляли протестанты. В случае новых выборов Габсбурги не имели шансов на победу.

В некотором отношении последнее обстоятельство играло наиболее важную роль в формировании дальнейшей политики Австрии. Разве Габсбурги что-либо значили без имперского титула? Они стали бы для Европы просто королями Венгрии. Внутри рейха они считались бы не более чем эрцгерцогами Австрии и королями Богемии, вассалами тех, кто пришел бы им на смену в качестве императоров. Не могло быть никакого «королевства Австрии», поскольку австрийскую монархию создала отнюдь не Прагматическая санкция. Она лишь обеспечила союз территорий на основе личной связи, причем ни одна из территорий не пользовалась статусом великой державы. Юридически сама Прагматическая санкция, о чем говорит ее название, стояла на сомнительном фундаменте политической целесообразности. Ей однажды уже бросал вызов Фридрих Великий, и оспорить ее в дальнейшем могли все, кого она не устраивала. Лишившись влияния в рейхе, свалившись с вершин могущества, династия могла столкнуться с трудностями в удержании земель, сплотившихся под ее короной. Таким образом, хотя Имперский эдикт касался только рейха, он оказывал влияние и на внутреннюю обстановку в Австрийской империи, ставя перед Франциском проблемы, сопоставимые с теми, что досаждали Карлу VI.