Точно так же, как в годы гражданской войны, резко изменилось соотношение исполнительных и представительных органов власти. Первые, в лице исполкомов Советов, ощутимо усилились. Помимо всего прочего, исполкомы вышестоящих Советов получили дополнительные права по отношению к исполкомам нижестоящих Советов. В частности, в случае необходимости, исполком вышестоящего Совета мог без дополнительных выборов, путем кооптации пополнять состав исполкомов нижестоящих Советов. Как правило, депутатский корпус пополнялся проверенными людьми, представителями партийно-советского актива. Особенно широко подобная практика применялась на освобождаемых от врага территориях, где приходилось восстанавливать не только экономику, но и советскую организацию власти.

Процессы, приводившие к усилению вертикали исполнительных органов, имели место не только на местах, но и в центре. Так, несколько снизилась роль ВС СССР, но при этом укрепилась роль его Президиума и, в еще большей мере, СНК СССР. Сессии ВС СССР проводились только в исключительных случаях. Так, 9-я сессия состоялась лишь год спустя, после начала войны – 18 июня 1942 года. На ней был ратифицирован советско-английский Договор о союзе с Англией в войне против фашистской Германии. Еще дольше пришлось ждать 10-ю сессию ВС СССР, которая открылась 28 января 1944 года. Наконец заключительная за период Великой Отечественной войны 11 сессия ВС СССР проходила 24–27 апреля уже 1945 года. Большинство изменений в законодательство страны в военное лихолетье принималось Президиумом ВС СССР. Среди правовых актов, одобренных им в эти годы, можно назвать указы о мобилизации; введении военного положения; структуре Вооруженных Сил; государственных наградах; наконец, о создании новых (в том числе чрезвычайных) государственных органов и многие другие.

Еще большая нагрузка в годы войны легла на Советское Правительство и его подразделения. По некоторым, наиболее важным, прежде всего военно-хозяйственным вопросам, СНК СССР принимал совместные решения с аппаратом ЦК ВКП(б). В компетенцию Совнаркома входили вопросы, связанные, например, с эвакуацией предприятий из прифронтовых в восточные районы страны. Для этого при СНК была создана новая структура – Совет по эвакуации во главе с Н. М. Шверником. Совет по эвакуации при СНК в своей деятельности опирался на прифронтовые эвакуационные комиссии при исполкомах местных Советов, отделы по эвакуации, созданные в аппаратах наркоматов, а также уполномоченных отраслевых наркоматов, ответственных за эвакуацию отдельных предприятий. На местах размещение эвакуированных предприятий контролировали региональные партийные и советские структуры. Чрезвычайный орган был создан для оптимизации деятельности на таком важном направлении, как агитация и пропаганда. Им становится возникшее уже 24 июня 1941 года Совинформбюро при СНК СССР. В годы Великой отечественной войны его деятельностью руководили лидер московских коммунистов А. С. Щербаков и замнаркома иностранных дел С. А. Лозовский.

При Совнаркоме создавались и другие новые структуры. Среди них Главснабнефть, Главснабуголь, Главснаблес и прочие учреждения, ведавшие снабжением народного хозяйства. Помимо этого, были образованы комитет по учету и распределению рабочей силы, Управление по эвакуации населения, Управление по государственному обеспечению и бытовому устройству семей военнослужащих. Когда в 1943 году Красная Армия погнала врага на Запад и стали массово освобождаться советские территории, возникла задача их хозяйственного возрождения. Работы в этом направлении были поручены специально созданному постановлением СНК СССР и ЦК ВКП (б) от 21 августа 1943 года Комитету при СНК СССР по восстановлению хозяйства в районах, освобожденных от немецкой оккупации, работой которого руководил Г. М. Маленков. Задачи, которые решались в годы войны, потребовали создать такие новые Народные комиссариаты СССР, как наркомат боеприпасов, танковой промышленности, минометного вооружения и ряд других. Кроме того, в уже существовавших наркоматах создавались новые структурные звенья. К примеру, в Наркомате торговли создается Главвоенторг, в Наркомате здравоохранения – отдел госпиталей, в Наркомате путей сообщения – Управление военно-дорожного строительства и т. д.