А.П. Богданов был выдающимся педагогом. Он воспитал шеренгу российских биологов, на десятилетия определивших направления развития зоологической науки и образования в нашей стране. Среди непосредственных учеников А.П. Богданова шестеро стали действительными членами Российской Академии наук (Д.Н. Анучин, Л.С. Берг, С.А. Зернов, Н.М. Кулагин, Н.В. Насонов и В.М. Шимкевич). Ученики А.П. Богданова – известнейшие профессора, впоследствии занимавшие университетские кафедры Москвы, Санкт-Петербурга, Киева, Варшавы и других городов (Н.Ю. Зограф, Г.А. Кожевников, А.А. Коротнев, С.С. Четвериков и др.).

А.П. Богданов скончался в 1896 г. Незадолго до смерти он составил духовное завещание – документ пронзительной силы, в котором предстает образ бессребреника и истинного подвижника, патриота российской науки и образования. «Просил бы те учреждения, которым я служил всею душою и всем сердцем во всю жизнь, дать семье моей средства лечь мне в могилу в Новодевичьем монастыре…, а затем оказать возможное содействие облегчению будущности и покоя жене моей Елене Васильевне и дочери Ольге. По истине говорю, что много тысяч из полученных мною в наследство, было употреблено мною на те учреждения, в основании которых я принимал участие, а потому умирая лично почти нищим, не краснея могу просить о могиле и нравственной помощи семье». Могила А.П. Богданова находится там, где он завещал, – на территории Новодевичьего монастыря рядом с могилами других профессоров Московского университета – математика Н.В. Бугаева, писателя и почетного академика М.П. Загоскина, философа Л.М. Лопатина, историка М.П. Погодина и др.

Преемником А.П. Богданова на посту директора Зоологического музея стал профессор Александр Андреевич Тихомиров. Он начал свое университетское образование как юрист сначала в Дерптском, а потом в Санкт-Петербургском университете, получил степень кандидата права. Однако тяга к естественным наукам переселила юриспруденцию. А.А. Тихомиров переехал в Москву и поступил на физико-математическое отделение Московского университета. Еще в студенческие годы А.А. Тихомиров начал активную исследовательскую работу в лаборатории А.П. Богданова, ездил с ним на Средиземное море. Впоследствии А.А. Тихомиров стал известен как автор превосходных исследований по развитию гидроидных полипов, ракообразных и насекомых. Изучая развитие тутового шелкопряда, А.А. Тихомиров в 1886 г. обнаружил, что действие кислот, высокой температуры и электрических разрядов может побудить к развитию неоплодотворенные яйца. Исследования А.А. Тихомирова по искусственному партеногенезу тутового шелкопряда стали предтечей блестящих работ академика Б.Л. Астаурова и его сотрудников, имевших огромное значение для генетики и практического шелководства.

Сначала А.А. Тихомиров был сторонником учения Ч. Дарвина, но затем перешел на позиции ярого антидарвинизма. Во второй половине XIX века дарвинизм, стал необычайно популярным не только у биологов, но и во всех образованных слоях российского общества. В то время о дарвинизме рассуждали все: гимназисты, студенты, курсистки, чиновники, вся российская интеллигенция. Разумеется, сочинения самого Ч. Дарвина читали далеко не все. Российская общественность знакомилась с этим учением в упрощенных и просто неверных переложениях, в которых отдельные стороны дарвинизма выпячивались и применялись к человеческому обществу. Публике был широко известен очерк Д.И. Писарева «Прогресс в мире животных и растений», в котором положение дарвинизма о борьбе за существование переносилось на жизнь человеческого общества. В знаменитом сочинении Э. Геккеля «Естественная история миротворения», переводами которой зачитывались гимназисты, автор оправдывает смертную казнь, рассматривая ее как проявление борьбы за существование. Газетные дискуссии вокруг статей Д.И. Писарева, книг Э. Геккеля и других популяризаторов дарвинизма создали у многих российских читателей превратное представление об учении Дарвина. Раскольников в знаменитом романе Ф.М. Достоевского берется за топор, наслушавшись разговоров о том, что с точки зрения борьбы за существование оправдано убийство стариков, если их средства способствуют выживанию молодых и здоровых. Дарвинистами называют себя малограмотные помещики в рассказах А.П. Чехова, обосновывая разделение людей на «белую кость и чумазых». «Разум открыл борьбу за существование и закон, требующий того, чтобы душить всех» – рассуждает Левин в романе Л.Н. Толстого. Так называемый «социал-дарвинизм» толкнул на путь жестокого террора немало способных молодых людей. Вот почему, многие деятели культуры были настроены против дарвинизма.