Войсковая канцелярия выдала предписание направить в Яицкий город половину от всего состава казачьих гарнизонов, а также все пушки. Кроме того, в казачество были записаны большинство крепостных, находившихся в Войске и переселённых.
По всей пограничной линии были смещены со своих постов прежние атаманы крепостей, назначены новые из числа восставших.
Для войсковых нужд были конфискованы деньги арестованных представителей старшинской стороны, на оставшихся на свободе накладывались денежные штрафы. Также были конфискованы лошади.
Тем не менее оружия не хватало, многие казаки имели при себе лишь пики, луки и холодное оружие.
При этом большая часть приготовлений происходила беспорядочно и непоследовательно, часть казаков ратовало за необходимость продолжения попыток переговоров с властями, часть – за более решительные действия, казнь арестованных старшин.
Состав Войсковой канцелярии постоянно менялся, вследствие чего часть распоряжений отменялась, а затем выпускалась вновь.
15 мая 1772 года Оренбургский корпус под начальством генерал-майора Фреймана выдвинулся к Яицкому городку, в его составе находилось 2519 драгун и егерей, 1112 конных оренбургских казаков и ставропольских калмыков, около 20 орудий.
Яицкие казаки, большей частью отправившиеся на весенний плавень – лов севрюги, были срочно отозваны в Яицкий городок, на круге Яицкое войско в течение нескольких дней не могло прийти к единому мнению – встретить ли Фреймана почтительно или выступить навстречу для отпора.
Было принято решение встретить Фреймана у Генварцева (Январцовского) форпоста на границе войска и убедить не продвигаться далее.
Сначала передовой отряд в 400 казаков под командованием походных атаманов И. Пономарёва и И. Ульянова, а затем и основной отряд в 2000 казаков под командованием В. Трифонова выдвинулись вверх по Яику.
1 июня яицкие казаки отправили к Фрейману для переговоров сотника А. Перфильева, ещё одного из будущих ближайших сподвижников Пугачёва, но переговоры ни к чему не привели.
Благодаря преимуществу в артиллерии и лучшей обученности воинскому делу правительственных войск, 3-4 июня восставшие под командованием И. Пономарёва, И. Ульянова, И. Зарубина-Чикипотерпели поражение от правительственных войск на реке Ембулатовке (у нынешнего села Рубёжка) в 60 верстах от Яицкого городка.
Потерпев поражение, вернувшиеся казаки призвали оставить Яицкий городок и двигаться на юг в сторону персидской границы. Обозы с большей частью населения переправились через Чаган, но 6 июня царские войска вошли в Яицкий городок и решительными действиями воспрепятствовали уничтожению переправы.
После переговоров и призывов вернуться без опасений, большинство жителей Яицкого городка вернулись в свои дома.
В результате поражения восстания были запрещены сборы войсковых кругов, ликвидирована войсковая канцелярия, в Яицком городке был размещён гарнизон правительственных войск и вся власть перешла в руки его коменданта И. Д. Симонова.
Часть пленённых зачинщиков была казнена, многих клеймили, части, приговорённых вырвали язык, 85 человек приговорены к вечной каторге.
Большая часть казаков, после поражения восстания, сумела укрыться на дальних хуторах в междуречье Волги и Яика, на Узенях, практически все они через год стали активными участниками «армии Пугачёва!
Ибо так успешные революции и низвержение тиранов на тронах не делают!
Я так же не случайно взял в кавыки «Армия Пугачева».
Дело в ом что сам Пугачев как раз никакой «армии» не имел и был для яицких казаков таким себе «символом– знаменем» в их попытке взять реванш в борьбе за свои «вольности» чьим «царским» именем и «волей» они прикрывались к реализации своих планов.