Несколько слов о том, как комплектовался аппарат органов госбезопасности в западных областях Украины, Белоруссии и Прибалтики. Первоначально все штаты были укомплектованы оперативными группами, прибывшими либо из центрального аппарата, либо с периферии. Вопрос встал об укреплении взаимодействия наших резидентур, находившихся в Литве, Латвии и Польше, с местными органами особых отделов Красной Армии, которое было довольно слабым из-за нечеткого распределения между ними зон оперативной ответственности. При этом в оценке обстановки на местах существенную роль играли материалы, которые представлялись 5-м (разведывательным) управлением Генштаба.
Разведка НКВД и военная разведка вскрыли военные приготовления Германии уже в 1940 году. Мероприятия, проводившиеся немецким правительством на оккупированной территории в этот период до весны 1941 года, касались укрепления и освоения немецкой армией новых территорий. Осуществлялись они последовательно, и в них не усматривалось ничего такого, что говорило бы о создании мощных ударных группировок для ведения полномасштабной войны.
В руководстве разведки по линии НКВД и Генштаба недостаточно понимали, что активные действия немцев в Польше в 1939 году имели две стадии – закрепление на занятой территории и переброску войск для весеннего наступления на Западе. Но обстановка для них изменилась после того, как мы заняли Прибалтику, Бессарабию и вступили в Черновцы. В это время немцам стало ясно, что Красная Армия вышла на совершенно иные рубежи. На восточной границе Германии нами были развернуты три мощные группировки – в Прибалтике, в Белоруссии и на Украине, а также в районе Одессы. Для немцев, собственно, в этом ничего нового не было. Ведь занятие Прибалтики в ходе секретных советско-германских соглашений было оговорено. Однако мы не раскрывали подробно своих планов, и немцы считали, что советская сторона, согласно подписанным договорам, ограничится только вводом войск прикрытия на территорию Прибалтики. События же, произошедшие в июне – июле 1940 года, застали немцев врасплох, причем в то время, когда их военная машина была запущена на Запад, и переориентировать авиацию, сухопутные войска, флот, чтобы противодействовать нашему утверждению в Прибалтике и Бессарабии, было невозможно. Поэтому в то время Гитлер вынужден был сделать хорошую мину при довольно неудачной игре.
Немецкая сторона послала своим дипломатическим представителям телеграмму, которая была перехвачена нами. В ней говорилось, что беспрепятственное укрепление русских войск в Литве, Латвии и Эстонии и реорганизация правительств, произведенная советским руководством с намерением обеспечить тесное сотрудничество с этими странами, касается только России и Прибалтики. Делалось предупреждение: избегать какого-либо осложнения в российско-германских отношениях.
Получение информации об этой директиве было исключительно важным, поскольку давало нам дополнительные возможности чувствовать себя уверенно в проведении всех акций в Прибалтике. Информация, перехваченная из немецкого МИДа, подтверждалась и источником «Юна» в МИДе Германии, с которым держала связь возвратившаяся на оперативную работу весной 1940 года Е. Зарубина.
Однако после завершения военной кампании во Франции в июне 1940 года разведывательное управление Генштаба направило сводку в НКВД и в правительство об изменившейся позиции Германии. Эта информация поступила и в ИНО. Источником ее был «Ариец», агент военной разведки, советник министерства иностранных дел Германии Шелиа, довольно близкий к Риббентропу. По его данным, немцы были согласны с тем, чтобы литовское, латвийское и эстонское правительства приняли советские требования, указывая при этом, что присоединение Советским Союзом Прибалтийских стран явление временное.