Заслуги Ф. П. Литке оценили по достоинству – он был возведен в чин полного адмирала и назначен членом Государственного совета. Конечно, Федор Петрович мог продолжить военную службу, но, как-только появилась возможность, предпочел вернуться к любимой географии. В январе 1857 г. он снова избран вице-председателем ИРГО. А в 1864 г. Ф. П. Литке возглавил Академию наук. За время его двадцатилетнего руководства Академией было увеличено число и размеры премий за научные достижения, расширены экспозиции и пополнены коллекции музеев, особое внимание уделялось деятельности главной физической обсерватории, метеорологической и магнитной обсерваторий в Павловске.

Ф. П. Литке руководил двумя (в те времена Географическое общество не случайно называли Академией географических наук) главными научными учреждениями страны до 1873 г., когда его на посту вице-президента ИРГО сменил П. П. Семенов (Тян-Шанский). Несмотря на преклонный возраст, Литке никогда не был ретроградом, прислушивался к мнению и активно привлекал к работе молодежь. В 1881 г., после практически полной потери слуха и зрения, Федор Петрович отошел от дел в Академии наук. Он скончался 8 (20) августа 1882 г. в возрасте 85 лет и был похоронен на Волковом лютеранском кладбище Санкт-Петербурга.

Эталонных жизней не бывает, у каждого свой путь. Не является исключением и Федор Петрович Литке. Он ошибался, не всегда достигал желаемого, был вынужден подчиняться обстоятельствам. Но это была достойная жизнь человека великой чести и долга, ученого, посвятившего себя служению Отечеству и людям. А еще он на всю жизнь остался верен своей первой любви – Арктике. Как писал на склоне лет сам Федор Петрович, ему довелось побывать во многих уголках земного шара, но его сердце навсегда осталось там – в холодных арктических льдах…