На вопрос, как произошел процесс доместикации и растений, и животных в науке также нет единого мнения, как и по вопросу, почему.

Со времен Дарвина большинство ученых опирается на теорию естественного отбора. Кроме того, Дарвин, а за ним и другие, настойчиво подчеркивал непреднамеренность процесса доместикации, ее случайный характер, отказывая таким образом древнему человеку в способности мыслить и изобретать. Человек «неумышленно подвергает своих животных и растения разным условиям существования, и появляется изменчивость, которую он не в состоянии даже предотвратить или ограничить». Дарвин также считает, что «ошибкой будет сказать, что человек „вмешивается в дела природы“ и производит изменчивость»[24].

Процесс одомашнивания, по Дарвину, проходил следующим образом: «Вероятно, мы обязаны нашими сведениями относительно полезных свойств почти всех растений тому, что человек первоначально находился в диком состоянии: жестокий голод часто заставлял его пробовать в качестве пищи почти все, что он мог пережевать и проглотить». «Следующим шагом в возделывании, не требующим большого напряжения мысли, был бы посев полезных растений; а так как почва близ лачуг туземцев часто бывает до некоторой степени удобрена, то рано или поздно должны были появиться улучшенные разновидности. Или же дикая, необыкновенно хорошая разновидность туземного растения могла обратить на себя внимание какого-нибудь старого, умного дикаря; он мог пересадить его или посеять его семена»[25].

Вавилов развил дарвиновское учение о естественном отборе. Он же выдвинул теорию о зарождении земледельческой цивилизации в горных районах. Полемизируя с работой Л. Мечникова «Цивилизации и великие исторические реки», в которой отмечается, что все древние цивилизации зародились на берегах великих рек – Нила, Тигра и Евфрата, Инда и Ганга, Янцзы и Хуанхэ, Вавилов предположил, что это не было самым начальным этапом.

«Вдумываясь в процесс развития земледельческой культуры, – писал Вавилов, – мы неизбежно должны признать, что периоду великих культур, объединивших многоплеменной состав населения, предшествовал, естественно, период обособленной жизни племен и небольших групп населения в замкнутых в районах, и для этой цели горные районы могли служить прекрасными убежищами. Обуздание больших рек, овладение Нилом, Тигром, Евфратом и другими великими реками требовало железной деспотической организации, создания плотин, регуляторов затопления, требовало организованных массовых действий, о которых не мог мечтать первобытный земледелец Северной Африки и Юго-Западной Азии. Всего вероятнее поэтому, что так же, как центром сортового разнообразия, очагами первоначальной земледельческой культуры были горные районы. Овладение водой для полива не требует здесь больших усилий. Горные потоки легко могут быть отведены самотеком на поля. Высокогорные районы нередко доступны неполивной культуре в силу большого количества осадков в высокогорных зонах. В земледельческих районах Горной Бухары в Бадахшане можно видеть до сих пор разнообразные примитивные этапы земледельческой эволюции, сохранившиеся, вероятно, неизменными целые тысячелетия и иллюстрирующие до сих пор различные фазы земледельческой культуры»[26].

Схожим образом процесс одомашнивания растений представляется и большинству современных ученых. При употреблении в пищу плодов и семян диких растений какая-то часть их оставалась неиспользованной и давала всходы вблизи жилища: «Переход этого в культуру – дело времени»[27]. Одновременно с этим шел процесс «бессознательного отбора» наиболее крупных семян для посадки, что в конечном счете приводило к появлению новых видов.