Были казнены и сообщники царевича, причем расправлялись с ними с особой жестокостью. Кикин, главный советник царевича и организатор побега, был колесован в Москве. Чтобы продлить мучения, ему отрубали руки и ноги с большими промежутками во времени. Отрубленную голову палач воздел на кол. Степан Глебов, обвиненный в блудном сожительстве с бывшей царицей Евдокией, был посажен на кол; ростовский епископ Досифей за сводничество и попустительство Евдокии, обрядившейся в Суздальском монастыре при его молчаливом согласии в мирскую одежду, низложен и колесован. Саму Евдокию Федоровну отправили в Ладожский монастырь с более суровым режимом содержания.
Так погиб царевич Алексей. После него остались четырехлетняя дочь Наталья и трехлетний сын Петр.
Нельзя не задаться вопросом: как могло получиться, что у талантливого отца, имеющего репутацию крупнейшего государственного деятеля в истории России, человека с железной волей и неиссякаемой энергией, бывшего, по выражению А. С. Пушкина, работником на троне, мог вырасти столь никчемный, ленивый, чуждый делу родителя сын, более похожий на мать, чем на отца, легко поддававшийся дурным влияниям сторонних людей?
Прямого ответа на этот вопрос источники не дают, и историк вынужден, отвечая на него, блуждать в догадках, выстраивая из известных ему событий логический ряд, позволяющий объяснить условия и причины семейной трагедии.
Прежде всего ответственность за случившееся надлежит возложить на отца, не уделявшего должного внимания воспитанию сына, наследника престола. Оспаривать этот факт нет смысла, можно лишь объяснять, как такое могло произойти. Здесь можно привести множество суждений, если не снимающих вину с Петра, то объясняющих мотивы его поступков.
Первостепенное влияние на воспитание сына оказал разлад в семье. Петр, первоначально с любовью относившийся к красавице супруге, через год-два охладел к ней. Евдокия Лопухина, женщина с привлекательной внешностью, но целиком находившаяся в плену старомосковских представлений о своей роли в семье, неспособная, благодаря ограниченному интеллекту, воспринимать новшества, наводившая скуку своей покорностью, быстро опостылела Петру. Царевич рос при дворе матери до восьми лет, то есть до возраста, когда формируются основные свойства человеческой натуры: трудолюбие, любознательность, любовь к родителям, уважение к их делам и т. д.
Отвергнутая супруга, как и ее окружение, прививала сыну ненависть к отцу, осуждала его частые визиты в Немецкую слободу и путешествия за границу. Обстановка в семье не способствовала воспитанию цельной натуры, вынуждая царевича постоянно лавировать между отцом и матерью, скрывать подлинные чувства, лицемерить, гасить откровенность.
Шести лет царевича начали обучать грамоте. Его учителем был Никифор Вяземский, человек слабовольный, малообразованный, лишенный педагогических способностей. Он не сумел привить ни уважения к себе, как воспитателю, ни любви к труду. Воспитанник, когда подрос, часто бивал своего наставника палкой, драл за волосы и, чтобы избавиться от уроков, давал ему поручения, требовавшие выезда из Москвы.
После возвращения из заграничного путешествия в 1698 году и заточения Евдокии в келью Суздальского Покровского монастыря Петр решил отправить сына для продолжения обучения в Дрезден. Но этому неслыханному для того времени плану не суждено было осуществиться – в 1700 году с катастрофического поражения русских войск под Нарвой началась война со Швецией. В жизни Петра наступил новый этап, когда он вынужден был сосредоточить свою недюжинную энергию на борьбе с грозным противником, покушавшимся на суверенитет страны.