Как только Петру стало известно о заговоре, он принял в его расследовании живейшее участие, проявив при этом крайнюю жестокость, подогреваемую, видимо, причастностью к заговору ненавистных ему стрельцов. Долгие часы царь проводил в Преображенском, сам допрашивал обвиняемых, подвергавшихся страшным пыткам. Главным участникам заговора была определена смертная казнь, причем церемонию казни, отличавшуюся грубым надругательством, тоже разработал Петр.

Царь считал идейным вдохновителем замысла Цыклера давно умершего Ивана Милославского. Гроб боярина извлекли из могилы, положили в сани, запряженные свиньями, привезли в Преображенское к месту казни и установили под эшафотом. Кровь казненных ручьями стекала на останки Милославского. На следующий день головы казненных были насажены на колья и выставлены в Москве для всеобщего обозрения.

Казалось бы, что Петр после раскрытия заговора Цыклера, к которому были причастны некоторые боярские фамилии и стрельцы, должен был расстаться с мыслью о поездке за границу. Однако заговор нисколько не нарушил подготовки великого посольства, не изменил он и намерений царя. Петр поручил управление страной князю Ромодановскому и боярину Тихону Стрешневу.

2 марта 1697 года передовой отряд посольства двинулся в путь. Русское государство еще никогда не отправляло за пределы своей страны столь многочисленного и пестрого по составу посольства. В ранге первого посла ехал Франц Лефорт. Высоким постом он был обязан своим заграничным связям, веселому и общительному характеру, а также умению держаться в обществе.