Эволюция приказного строя и Боярской думы протекала медленно и практически безболезненно. Напротив, установление преобладания светской власти над духовной происходило в атмосфере острой борьбы, насыщенной драматическими событиями. Кульминационным пунктом соперничества светской и духовной власти было дело Никона.

Никон, человек властный и высокомерный, ставший в 1652 году патриархом, при царе Алексее Михайловиче достиг огромного влияния. Его власть распространялась не только на духовное ведомство, он вторгался и в светские дела, носил наряду с царем титул «великого государя». Во время отсутствия царя в Москве Никон управлял Боярской думой и самостоятельно решал военные и гражданские вопросы. Патриарх Никон сравнивал архиерейскую власть с солнцем, а царскую – с ночным светилом, отражающим свет солнца. Деятельность Никона, не терпевшего возражений, вызвала недовольство и среди духовной братии, и среди влиятельных бояр.

Исподволь назревавший конфликт завершился разрывом царя с патриархом, а затем и его низложением – в 1666 году Никона под охраной стрельцов отправили в Ферапонтов монастырь, где он жил простым монахом на скудном довольствии.

Притязаниям Никона был дан отпор. Однако низложение честолюбивого патриарха не означало полного крушения церковной власти и не исключало возможности возобновления борьбы.

Регулярную армию Петр создавал тоже не на пустом месте. Старинная организация вооруженных сил претерпела существенные изменения еще при его предшественниках. Пало значение поместного войска, созываемого на случай военных действий и распускаемого по домам, как только военные действия прекращались. Участие в войнах стрелецкого войска, составлявшего постоянный контингент вооруженных сил, тоже значительно сокращается. Стрельцы выполняли преимущественно полицейские функции, их использовали для охраны царской резиденции, сопровождения царя и членов его семьи в походах, а также для подавления восстаний горожан.

Вместо архаического дворянского ополчения и стрелецкого войска в вооруженных силах все большее значение приобретали так называемые полки нового строя – рейтарские, драгунские и солдатские. Комплектование этих полков предвосхитило будущую рекрутскую систему, введенную Петром. Оно проводилось путем привлечения на пожизненную службу крестьян и горожан от определенного числа дворов.

В полках нового строя можно разглядеть некоторые черты регулярной армии. Изменения, происходившие в организации вооруженных сил, отражали общую эволюцию государственного строя – переход к абсолютизму. Для этой государственной системы характерна регулярная армия. Однако формирование такой армии в XVII веке не могло быть завершено, ибо в стране отсутствовало развитое мануфактурное производство, способное обеспечить вооруженные силы единым вооружением, снаряжением и обмундированием.

Не приобрели устойчивости и попытки создания военно-морского флота. На верфи в подмосковном селе Дединове по царскому указу 1667 года было намечено построить несколько морских судов для защиты торговых интересов русских купцов на Каспийском море. Корабль «Орел» с незаконченной оснасткой находился у Астрахани и был сожжен Разиным в 1670 году.

Потребности времени вызывали изменения и в области культуры. Церковная идеология сохранила господствующее положение во всех сферах культурной жизни населения, но вместе с тем зарождался интерес к светской культуре. Образованные слои горожан и дворянства уже не довольствовались усвоением богословских истин и проявляли стремление к научным знаниям, к литературе, рассказывающей не о подвигах библейских героев, а о жизни обыкновенных людей. В живописи наметилась тенденция к реализму, в архитектуре пробивали путь светские элементы. В целом во всех областях духовной жизни общества было положено начало явлениям, которые принято называть «обмирщением культуры», то есть проникновением в нее светских начал.