Обострение отношений между Софьей и Петром назревало давно. Подрастающий царь, занятый «потешными» играми и учением, с явным неудовольствием и плохо скрываемым раздражением смотрел на действия старшей сестры-правительницы. Его негативное отношение к сестре поддерживали мать и сторонники Нарышкиных. Удивительно, но одним из ярых противников Софьи являлся двоюродный брат ее фаворита Борис Алексеевич Голицын. Софья, со своей стороны, стараясь не допустить Петра к власти, стремилась сама заполучить царскую корону. В этом ее поддерживали начальник Посольского приказа В. В. Голицын и начальник Стрелецкого приказа Ф. Л. Шакловитый, человек крутой, решительный и ловкий, державший стрельцов в полном повиновении. Именно на него и надеялась Софья в получении долгожданной короны. Согласно плану Шакловитого, стрельцы подают челобитные, в которых просят Софью не оставлять правление и венчаться царским венцом на царство. В загородную резиденцию Шакловитый вызывает стрелецких начальников и предлагает им подписать уже заготовленную челобитную. Однако стрелецкие командиры, ссылаясь на свою безграмотность, отказываются это сделать и расходятся по домам. Но некоторые из рядовых стрельцов были не прочь подписать челобитную и даже применить более решительные меры. Так, один из стрельцов предложил бросить в Петра гранату или подложить ее в сани государя, другой – напасть на него с ножом во время тушения пожара (царь любил участвовать в тушении пожаров, которые часто вспыхивали в столице). Сторонники Софьи, чтобы восстановить стрельцов против Петра, прибегали к различным инсинуациям. Рассказывали, что по ночам подьячий Матвей Шошин, сторонник Софьи, наряженный под Л. К. Нарышкина в белый атласный кафтан, подъезжал к стрельцам, стоявшим на карауле, бил их без пощады и приговаривал, «вспоминая» погибших в 1682 году «родичей»: «Убили вы братей моих, и я вам кровь братей своих отомщу!» В это время один из заговорщиков унимал Шошина, говоря: «Лев Кириллович! За что бить до смерти! Душа христианская!» Эти действия сторонников Софьи стали известны их противникам, которые повели более решительное наступление на трон. В марте 1689 года Петр имел серьезный разговор с фаворитом Софьи В. В. Голицыным и потребовал нового оружия для «потешных». 8 июня, во время традиционного крестного хода со святой иконой, Софья пошла вместе с царями – Иваном и Петром. Петр потребовал, чтобы она оставила их (по обычаю тех времен женщина не должна была принимать участия в этом действе). Софья отказалась, и разгневанный Петр ускакал в Коломенское.

Вскоре вернулся из второго крымского похода В. В. Голицын. Манифест о наградах его участникам должны были утвердить цари, но Петр это сделал только после длительных уговоров. Когда же Василий Голицын пришел к царю, чтобы поблагодарить его за награды, то Петр не принял боярина. «Самодержица всея Руси» (или «благоверная царевна и великая княжна») – так приказала именовать себя Софья – пришла в ярость. Приближалась решающая схватка.

7 августа 1689 года в Москве пронесся слух, что «потешное» войско ночью придет из Преображенского, чтобы убить царя Ивана и царевен. По приказу Софьи закрыли все кремлевские ворота. В Кремле и на Лубянке расположилось более тысячи стрельцов. Активно агитировал стрельцов в поддержку Софьи начальник Стрелецкого приказа Федор Леонтьевич Шакловитый.

Переполохом в столице воспользовались сторонники Петра. Двое стрельцов поскакали в Преображенское. Они сообщили царю о якобы готовящемся против него походе. Поднятый с постели, плохо соображая со сна, что же происходит, испуганный до крайности, царь в одном белье бежал к ближайшему лесу, затем ускакал в Троицкий монастырь. Там Петр упал на постель и, весь в слезах, поведал архимандриту о страшной опасности, нависшей над ним. Царь просил укрыть его и защитить. (Позже кое-кто из современников, а затем и исследователей высказали мысль о том, что этот спектакль разыгран был по сценарию самого Петра. Возможно, это и правда, но испуг, дрожание и слезы юноши выглядели очень естественно.)