Чувствуя вину перед своим собинным другом, царь послал в Ферапонтов монастырь примиряющее письмо, в котором просил прощения у опального патриарха, испрашивал у него благословения для себя и всей царской семьи. Надеясь на примирение, медлил с выборами нового патриарха. Но Никон грубо отказал в благословении, хотя, видимо, обрадовался возобновлению переписки. Вслед за ответным письмом он прислал чернеца, прося выдать ему из государевой аптеки лекарства: масло деревянное, ладан росный, скипидар, травы чечуй, целибоху и зверобой, нашатырь, квасцы, купорос, камфару, камень безуй – хотел похвастаться перед царем тем, что с успехом лечит у себя в монастыре больных. Матвеев, как глава Аптекарского приказа, получил указание выдать все просимое. Но на отказ в благословении царь не на шутку обиделся.

Вместе с тем, читая Никоновы грамотки, стайками летевшие в Москву из Ферапонтова монастыря, Алексей Михайлович с грустью видел, что его бывший друг с годами слабеет умом: стал брюзглив, занимается мелкими дрязгами, ссорится с монахами, всем недоволен; несмотря на обильное содержание и богатые подарки, осаждает постоянными жалобами на оскудение и недостаток, просит прислать то новую шубу, то гостинцев, то свежей рыбы. Царь успокаивал его, слал шубы, меха, пироги, рыбу, деньги. Однако, повздыхав, согласился на поставление в патриархи митрополита Питирима, а после его скорой смерти – митрополита Иоакима.

В том же примирительном духе писал Алексей Михайлович к мятежным соловецким старцам, седьмой год сидевшим в осаде за крепкими монастырскими стенами. Воеводе Ивлеву отослал грамоту о прощении всем раскаявшимся, приказал никакой тесноты старцам и воинского промысла над монастырем не чинить. Ивлев в ответ донес, что за ту великую государеву милость монахи держали меж собой черный собор, на котором положили за великого государя богомолье оставить, имена его и царицыно из синодика выскрести и про него, великого государя, говорили такие неистовые слова, которые не только записать, но и слышать страшно. Рассерженный Алексей Михайлович направил в подмогу Ивлеву воеводу Мещеринова с шестью сотнями стрельцов, пушками и строгим наказом быть на Соловецких островах неотступно и над соловецкими ворами чинить всякий воинский промысел, чтобы их воровство и мятеж искоренить неотложно.

Но, несмотря на строгие меры, раскол все глубже проникал в Христово тело. Вот уже и бабы занялись богословием – срамота!

Бояре и духовные давно нашептывали царю, что в самой Москве двое сестер, боярыня Федосья Прокопьевна Морозова и княгиня Евдокия Урусова, обратили свои дома в раскольничьи гнезда, сеют соблазн в святой столице, перед самими пресветлыми государевыми очами. Алексей Михайлович до поры не слушал доносчиков – обе женки были близки ему как дочери брата покойного Бориса Ивановича Морозова, которого царь почитал вторым отцом. Кроме того, Федосью Прокопьевну он искренне уважал – во всей

Руси она одна могла поспорить с ним в знании чина церковного богослужения, в тонкой искушенности по части молитв и поста. Но всему есть пределы! Когда упрямая боярыня, брезгавшая всякого общества никониан, отказалась присутствовать на царском крестинном пиру, Алексей Михайлович был вынужден дать ход делу против оскорбительницы государева достоинства. Княгиню Урусову арестовали вместе с сестрой. Раздетых до пояса, их вздернули на дыбу, пытали огнем, потом на несколько часов бросили на снег. Они лежали, истерзанные, с вывихнутыми лопатками, страшно-безмолвные. Ведомая стрельцами мимо царского дворца из Сыскного приказа в подземную тюрьму, Морозова с усилием подняла изувеченную пыткой, окованную железом руку и осенила себя двуперстным крестом. Алексей Михайлович, смотревший на нее из окна, понял, что этот жест предназначался для него. Он, со смирением и без особых колебаний принявший в свое время все церковные нововведения (никогда не спорил с Никоном по причине страшной святости этих вопросов), неприятно смутился: в стойкости Морозовой было что-то непонятное и тревожное. Может быть, есть истина и в этом упорстве? И потом, после осуждения сестер, он, побуждаемый каким-то потаенным чувством, не раз ездил в монастырь, где была заточена Морозова, подолгу простаивал под окнами ее кельи, справлялся через бояр о ее нуждах; но внутрь не заходил, словно опасаясь чего-то.