Они не знали, что текст «Выборгского воззвания» в тот же день, когда его приняли, стал известен премьер-министру Столыпину. Он доставил его в Петергоф – в резиденцию Николая II. После обсуждения этого документа Столыпин получил право поступать с депутатами «по усмотрению». Он отдал приказ не препятствовать разъезду депутатов, внимательно следить за ними на местах, немедленно сообщать ему обо всех их действиях и без его ведома никаких репрессий против думцев не предпринимать.

Либеральная интеллигенция сочувствовала думцам, но на баррикады выходить не собиралась. Того эффекта, на который рассчитывали депутаты, принимая воззвание, не произошло. 18-20 июля произошли два крупнейших военных восстания – в Свеаборге и Кронштадте, они оказались высшей точкой борьбы летом 1906 года. Революция пошла на спад. Страна готовилась к выборам во Вторую Государственную Думу, открытие ее намечалось на февраль 1907 года.

Что же касается участников «выборгского дела», то их действительно обвинили в антигосударственной деятельности и попытке подорвать устои страны. Уже 18 июля сообщалось, что прокурорским надзором возбуждено уголовное преследование против бывших членов Думы, подписавших воззвание. Однако суд состоялся только спустя полтора года, когда страна стала уже совсем другой: после роспуска очередной, Второй Государственной думы и ужесточения избирательного закона в России воцарилась «третьеиюньская монархия». В декабре 1907 года Петербургская судебная палата приговорила подписавших «Выборгское воззвание» к 3-месячному одиночному тюремному заключению с последующим лишением прав быть избранными не только в Государственную думу, но и в органы местного самоуправления.

На этом знаменитом судебном процессе, названном современниками «Выборгским», страстную речь произнес бывший депутат Кокошкин. «Мы хотели способствовать тому, чтобы Россия сделалась страной свободной, правовым государством, где право было бы поставлено выше всего, где праву подчинены были бы все от высшего представителя власти до последнего гражданина, – заявил он. – Мы хотели сделать Россию страной счастливой и процветающей. Мы знали, что для этого путь только один – поднять благосостояние низших трудящихся классов населения. Мы хотели сделать Россию страной сильной и могущественной единством, не внешним насильственным единством, а единством внутренней организации, которое совместимо с разнообразием местных условий с разными особенностями всех народностей, ее населяющих». По его мнению, «Выборгское воззвание» представляло собой «средство защиты конституции в исключительных случаях и находится в полном соответствии с духом конституционного строя».

Спустя несколько месяцев, в мае 1908 года, петербургские «Кресты» приняли необычных арестантов – бывших думцев, авторов «Выборгского воззвания». Они приехали к воротам тюрьмы сами, без сопровождения полиции, принеся с собой по несколько чемоданов и пакетов с вещами и книгами. Без сомнения, подобное решение было показательным политическим актом. Власть, наказавшая противников за непослушание, тем не менее подчеркивала доверие к тем «оппонентам», которые, в отличие от радикалов-экстремистов, отстаивали собственные взгляды мирным путем. «Борцы за народное представительство» показывали, в свою очередь, что равенство перед законом, за которое они выступают, является правилом для всех, в том числе и для них самих.

«…При истоке реки Невы из Ладожскаго озера и устья Ладожского канала, в 60-ти верстах от Петербурга расположен… город Шлиссельбург, или "Ключ-город", который, к сожалению, своею внешностью далеко не оправдывает ни своего исторического значения, ни географического положения, – отмечалось в путеводителе по Петербургской губернии конца XIX века, составленном В.К Симанским. – Мрачные бастионы крепости, неприветная даль Ладожского озера с его свинцовыми водами, с одной стороны, грязные, по большей части немощеные улицы, маленькие, ветхие деревянные дома, не живописно окрашенные временем в однообразный серый цвет, – с другой, производят неприятное впечатление и никак уже не могут манить на дачное пребывание петербуржца».