Путь отряда в основных чертах повторил маршрут Москвитина. Перевалив хребет Джугджур, отряд по небольшой речке Сикше спустился к Улье. Казаки срубили зимовье прямо в устье Сикши, название которой связано с обилием на ее берегах ягод шикши, или вороники.

До побережья Ламского моря отряд добрался по Улье только весной. В ее устье к Шелковнику примкнули казаки Ермила Васильева, оставленные там Поярковым. От устья Ульи казаки перешли к устью реки Охоты (эвены называли ее Ахоть) и там, сломив сопротивление местных эвенов, в трех километрах от устья поставили острог, где объединенный отряд в составе 54 человек перезимовал.

Вот это зимовье в устье Охоты и стало впоследствии центром, откуда шло освоение всего побережья. И это было не случайно. Устье Охоты расположено в середине низменного участка побережья. В первой половине ХVII века именно этот район был более всего заселен местными племенами. Известно и то, что он являлся особо рыбным местом. Фактически это была ключевая позиция на побережье Ламского моря. И вот по мере того, как возрастало экономическое и политическое значение Охотска как центра огромного края, все чаще и море стали называть Охотским, что и закрепилось в конце концов на географических картах.

В июне 1648 года отряд из 26 казаков под начальством Ермила Васильева и Алексея Филиппова на построенных в устье Охоты двух кочах вышел в море и направился на восток. Кочи подошли к устью реки Ини и зашли в лагуну, в которую впадает река. Там им пришлось выдержать нападение ламутов. Пять дней провели казаки на Ине, но, заметив, что эвены вновь собираются напасть на их лагерь, ушли в море.

Морской коч (Реконструкция)

В море суда попали в шторм, и поврежденные кочи выбросило на полосу галечникового берега. Когда шторм несколько утих, то казаки, починив суда, снова вышли в море. Они прошли далее на восток мимо Каменного мыса (полуостров Лисянского), где были обнаружены огромные лежбища моржей. Оттуда суда за сутки дошли до бухты Мотыклейской (у западного берега Тауйской губы, на побережье которой сейчас расположен город Магадан).

Казаки наблюдали вдалеке острова́ Спафарьева, Талан и др. В устье реки Мотыклеи (вернее, их две – Большая и Малая) казаки прожили три года. И здесь мотыклейские эвены отказались добровольно платить ясак, начались стычки, в ходе которых казаки захватывали аманатов, чтобы заставить эвенов быть сговорчивее и подчиниться. Тогда 15 апреля 1649 года эвены подожгли зимовье, но казаки и на этот раз вышли победителями и захватили много ламутского оружия. Казаки временами голодали, так как эвены мешали им ловить рыбу, надеясь избавиться от пришельцев. Только 15 июля 1651 года Алексей Филиппов с товарищами возвратились на Охоту.

А там мирные отношения с эвенами налаживались с трудом. Еще ранее Семен Шелковник направил гонца в Якутск и просил прислать на помощь человек 100 казаков, обещая, что если начнут эвены платить ясак, то в «ясачном сборе будет прибыль многая». Новый отряд казаков во главе с Семеном Епишевым был послан на Охоту в июле 1650 года, но добраться до Охотского зимовья посланные сумели только 3 июня 1651 года. Когда кочи Епишева подошли к устью реки, то, по его словам, их встретило до тысячи эвенов, которые преградили казакам путь в реку.

Епишев прорвался в Охоту и нашел в фактически осажденном зимовье 20 казаков, исхудалых и больных цингой. Среди них уже не было Семена Шелковника, который скончался еще в 1648 году.

Семен Епишев научил цинготных больных, как приготавливать хвойный настой, принял от целовальника отряда Шелковника собранную за четыре года в качестве ясака «мягкую казну» и продолжил переговоры с «лучшими мужиками» эвенов о добровольной сдаче ясака в дальнейшем. Все это сопровождалось новыми стычками во время походов казаков вверх по рекам Охоте и Кухтую для сбора ясака.