Были открыты новые университеты – Казанский и Харьковский. Петербургская учительская семинария была преобразована сначала в Педагогический институт, а затем в университет (академический университет вскоре после создания прекратил свое существование). Были реорганизованы Виленский (Вильнюсский), созданы Дерптский (Тартуский), Гельсингфорсский (Хельсинкский) и Варшавский университеты, имевшие особый статус. (После польского восстания 1831 года Виленский и Варшавский университеты были закрыты как рассадники национально-освободительных идей.) В 1834 году был основан Киевский университет Святого Владимира. Устав Московского университета, принятый в 1804 году и ставший образцом для других университетских уставов, предусматривал внутреннюю автономию, выборность ректора, конкурсное избрание профессоров, особые права советов факультетов (факультетских собраний) в формировании учебных планов. При большинстве университетов были открыты педагогические институты, а при Дерптском – даже «профессорский институт», готовивший преподавателей для высшей школы.

С 1817 года наметились консервативные тенденции в системе образования. Либеральные университеты лишили многих академических свобод. В гимназиях были введены Закон Божий и русский язык, а также древние языки (греческий и латинский), усилено преподавание географии и истории, но исключены философские и общественные науки, всеобщая грамматика, экономика. В то же время были открыты привилегированные учебные заведения (лицеи) – Ришельевский (в Одессе), Кременецкий, Нежинский.

После смерти Александра I и восстания декабристов движение российской системы образования становилось чем дальше, тем более консервативным. Уже в мае 1826 года императорским рескриптом был образован специальный Комитет устройства учебных заведений, которому было поручено немедленно ввести единообразие в учебную систему «дабы уже, за совершением сего, воспретить всякие произвольные преподавания учений, по произвольным книгам и тетрадям».

Николай I прекрасно понимал, что борьбу с революционными и либеральными идеями надо было начинать со школ и университетов. Системе образования был возвращен сословный характер: как суммировал позицию николаевского правительства П.Н. Милюков, «никто не должен получать образование выше своего звания» (Милюков, 1994, с. 294). В 1853 году в Петербургском учебном округе в гимназиях учились 80 % дворянских детей и только 20 % – выходцев из других сословий. В приходских же училищах, наоборот, было 88 % разночинцев и 12 % дворян.

Общее устройство системы образования осталось тем же, но все школы были выведены из подчинения университетам и переведены в прямое подчинение администрации учебного округа (то есть Министерству народного просвещения). Было сильно изменено преподавание в гимназиях. Главными предметами стали греческий и латинский языки, вообще гуманитарные предметы. «Реальные» предметы разрешалось преподавать как дополнительные. Гимназии рассматривались лишь как ступень к университету; таким образом, учитывая их сословный характер, разночинцам был сильно затруднен доступ к высшему образованию. (Тем не менее в 1853 году в одном только Петербургском университете они составляли 30 % от общего числа студентов.) Благородные пансионы и частные школы, плохо поддававшиеся тотальному контролю со стороны государства, были преобразованы или закрыты, их учебные планы должны были быть согласованы с учебными планами государственных школ.

Вместе с тем право устройства начальных школ было предоставлено различным ведомствам – военному, Министерству государственных имуществ, Русской православной церкви. На средства Церкви содержалось более 9 тыс. приходских школ, в основном в деревне.