Благополучие семьи было непосредственно связано с разумным управлением обширными родовыми вотчинами.[19] Их успешно приумножал отец, прилагая к старым владениям пожалованные и купленные земли. Иван Грозный в своём завещании отметил: «И что я пожаловал Романову жену Юрьевича и её сына Никиту волостями и селами… – и в те вотчины сын мой Иван и сын мой Фёдор не вступаются». Жена Романа Юрьевича Захарьина, мать царицы Анастасии Ульяна Фёдоровна Карпова, дочь окольничего старого московского рода, пользовалась большим уважением при московском дворе.

В Москве Фёдор Никитич управлял огромной усадьбой в Китай-городе, на Варварской улице. Там, среди огородов, садов и хозяйственных построек, тянувшихся от Варварки к Москве-реке, стояло множество палат, в которых жила большая семья. Даже сегодня одно из зданий сохранилось в своей нижней, каменной части (над которой обычно стояли жилые деревянные терема). В нём находится музей «Палаты бояр Романовых».

Под Москвой Романовым принадлежали прекраснейшие сёла Измайлово и Рубцово, при них 8 деревень, три пустоши и около 1 тыс. гектаров пашни. Ещё сёла Чашниково и Филисово, при них 9 деревень, 24 пустоши, много лесов и 1300 га пашни. В Коломенском уезде под Москвой Фёдор Никитич управлял сёлами Ступаново и Лысково-Цепеево с богатыми сенокосами, лесом и 1650 га пашни. В его селе Степанове кроме земель было устроено два пруда «с рыбою, а на пруде же мельница немецкая, а в селе – церковь Благовещения Пречистой Богородицы, каменная, да 2 предела».

Палаты бояр Романовых на Варварке. Неизвестный художник

К востоку от Москвы, в Юрьево-Польском, Владимирском и Муромском уездах, у Романовых были сёла Петровское, Клины, Смердово, Лычево, Кигалеево, Заколпье, Георгиевское. Около Нерехты – село Денисовское. В Галичском, Чухломском и Солигаличском уездах – сёла Анофриево, Шулева, Зосима-Савватий, Никола Мокрый, Степурино и Верховье. К северу от столицы они владели сёлами Хабацкое, Суслово, Лихачево, Федорково, Тургенево и Свистуново. К западу у семьи была вотчина в Вязьме.

Фёдор Никитич рачительно управлял также дворами в Великом Новгороде, где его крепостные занимались промыслами, и землями в Шелонской и Водской пятинах. На юге России Романовы владели обширными землями в Калужском, Епифанском, Ряжском, Данковском, Лебедянском, Елецком и Каширском уездах. Большими сёлами там были Карамышево, Спасское, Кремлёво, Вослеба, Романово, Мокрое, Чёрное, Студенец, Сырское, Троицкое, Рожественно – каждое с деревнями, покосами, лесом и пашнями.

Забот у одного из крупнейших землевладельцев Европы XVI в. было немало. Одной дворни у него на Варварке было несколько сот мужчин, не считая женщин, которым давала работу его жена, и массы детей, которых хозяин должен был отдавать учиться грамоте и разным ремёслам. Однако Фёдор Никитич, строго следуя традиции, справлялся со всеми делами, опираясь на своих братьев, приказчиков и выборных старост сельских общин.

Он радовал своим присутствием Думу и не отказывался откушать с царем, в особенности за семейным, с немногочисленными друзьями обедом. Реже отмечен Фёдор Никитич на больших торжественных пирах и приемах, где он оказывался ниже кого-то чином, хотя таких соперников оставалось все меньше и меньше.

В перечнях бояр он упоминается в 1588/89 г. (старинный год от Сотворения мира начинался 1 сентября) на десятом месте, а уже в следующем, 1589/90 г., – на шестом. Менее чем через десять лет, к концу царствования Фёдора Иоанновича, Фёдор Никитич Романов имел чин главного дворового воеводы (главнокомандующего силами государева двора) и считался одним из трёх руководителей государевой Ближней Думы.