Сразу после этого в Прибалтику пришли шведы и завоевали Ревель вместе с несколькими другими мелкими городами. Польша не захотела с этим мириться, и в Лифляндии началась первая шведско-польская война. Потом в события вмешался Иван Грозный, захотевший отвоевать в Прибалтике исконные русские земли, и на следующие 150 лет Лифляндия стала яблоком раздора «треугольных» устремлений соседних государств: Польши, России и Швеции. Этот треугольная конфигурация на полтора века станет доминирующей характеристикой региона.

В 1621 году Густав II Адольф, вмешавшийся в религиозные войны Европы и сделавший из захолустной Швеции великую европейскую державу, взял приступом Ригу, а через несколько лет вся Лифляндия в качестве заморской провинции была присоединена к шведской короне. Юридически это приобретение было позже оформлено Оливским миром 1660 года, по которому Польша, сохранив в качестве вассала Курляндию, уступила Стокгольму все земли севернее Двины. Заметим, что в это же время царь Алексей Михайлович Тишайший тоже «воевал Ливонию», осаждал Ригу, но так неудачно, что два другие государства треугольника стали его противниками.

Лифляндия была завоёвана шведами, но её статус всё время оставался неопределённым. При этом прибалтийская провинция стала, можно сказать, жемчужиной всего шведского королевства, потому что давала дохода в казну не менее 1 млн. риксталеров в год, что составляло четверть всего бюджета страны. Но включить её в состав королевства никак не удавалось, потому что этому решительно воспротивились городские представительства и дворянство Швеции. С другой стороны, шведской аристократии, получившей в Прибалтике крупные земельные владения, было очень выгодно, чтобы Лифляндия так и осталась «заморской провинцией» Швеции, ибо в противном случае там нужно было отменять крепостное право, и помещики лишились бы дешёвых крепостных рук латышей, эстонцев и литовцев.

Управлял Лифляндией генерал-губернатор, назначавшийся из Стокгольма, и двое его помощников: вице-губернатор и секретарь. Город Рига выбирала собственного губернатора, т.н. ståthållare и по отношению к шведской администрации занимала довольно независимое положение. Лифляндское дворянство, насчитывавшее не более 300 семей, тоже получило от шведских королей подтверждение своим привилегиям, купленным ценой большой крови и многолетней борьбы. Выражено это было в таких неясных и расплывчатых терминах, что они послужили потом причиной частых споров и досадных недоразумений. Потомки рыцарей, к примеру, имели право с разрешения генерал-губернатора собираться на свои съезды – ландтаги, избирать на них т.н. ландмаршала и назначать с одобрения же стокгольмского представителя советников для осуществления текущих дел по управлению округами – ландратов. Судебное дело и управление округами осуществлялось в основном по шведскому образцу.

После смерти Густава II Адольфа, во времена правления его малолетней дочери Кристины, интерес к провинции в Стокгольме ослаб, чем и воспользовались немецкие «рыцари», успешно притормозив все начинания шведской администрации и постепенно восстановив свои утраченные было позиции. Не легче было и с самоуправляемой Ригой. Так что шведы, по мнению шведского историка П. Энглунда, не могли считаться ни оккупантами, ни колонизаторами.

Чтобы получить хотя бы частичное представление о том, с какими проблемами шведы столкнулись в Прибалтике, например при учреждении университета в Дерпте (Тарту). В Стокгольме рассчитывали на него в первую очередь как на инструмент для развития латышской культуры. Университет, первый в этом регионе, быстро развивался и становился популярным далеко за его пределами, в том числе у самих шведов. Местное же дворянство не только игнорировало его и не посылало туда своих детей учиться, но выступило за его закрытие. Оно полагало просвещение своих крестьян вредным, поскольку оно могло подорвать их привилегии, и добилось того, что количество местных студентов обычно не превышало 5 человек.