Письмо, написанное Шовингером, свидетельствует о том, что он был хорошо знаком с творчеством Гогенгейма. Бартоломе ссылается на личное знакомство с ученым («когда он бывал у меня») и занимает критическую позицию по отношению к тому, чья посмертная слава через несколько десятилетий достигла необычайных размеров. Однако не только Шовингер давал произведениям Гогенгейма негативную оценку. Труды ученого медика навлекали на себя критику многих заметных фигур европейского интеллектуального бомонда, которые в своих отзывах касались не только проблем, связанных с пониманием текста. Мнение Шовингера, высказанное им в 1531 году, было далеко не единственным. Позже Гогенгейм стал пользоваться дурной славой в среде благочестивых протестантов. Буллингер упрекал Теофраста в недостоверности излагаемых им сведений, а Конрад Геснер даже обвинял его в арианской ереси. Опоринусус, сравнивая Гогенгейма с Иоганном Вейером, гнусно оклеветал его, а Томас Либ, более известный под именем Эраста, опубликовал в 1572 году антипарацельсистский трактат. Последний содержал красочную иллюстрацию с изображением дьявола, а Гогенгейм был назван в нем «хрюкающей свиньей»[44]. В 1553 году Кальвин сжег в Женеве еретического врача, астролога и свободомыслящего богослова Мигеля Сервета. В этой ситуации Бартоломе Шовингер, будучи умным человеком, которому к тому же нередко приходилось путешествовать по торговым делам, не мог позволить себе некритично отзываться о Теофрасте, своем старом знакомом. Одновременно прежние дружеские отношения, которые связывали друзей в более ранний период, могут служить доказательством высокой степени доверия, существовавшего между ними. Несмотря на активные нападки на Гогенгейма со стороны европейских интеллектуалов, очень часто их критика касалась лишь формальных сторон творчества ученого. В качестве примера можно привести Конрада Геснера, который, упоминая о «Теофрасте Бомбасте фон Гогенгейме» в своей «Универсальной библиотеке», пишет о «темных, варварских, страстных и глупых высказываниях и суждениях», подразумевая под этим туманный, искусственный и вдобавок испещренный варваризмами язык произведений Гогенгейма.[45]

Во время пребывания Гогенгейма в Санкт-Галлене его отношения с Бартоломе отличались заметной амбивалентностью. Благодаря приобретенному авторитету крупного купца и уважаемого бюргера, Шовингер сумел продлить срок врачебной практики Гогенгейма в Санкт-Галлене, которая, по решению цехового Совета одиннадцати, или Большого совета, должна была завершиться задолго до истечения ее запланированного срока. Он вообще был едва ли не единственным человеком среди узкого круга людей этого небольшого городка, сталкивавшихся по роду своей деятельности с Гогенгеймом, который замолвил словечко за одного из самых примечательных гостей, когда-либо посещавших его уютное обиталище.[46] С другой стороны, Бартоломе в разговорах со своим школьным учителем Себастьяном Кунцем не скупился на критику в адрес Гогенгейма. Он называл последнего суетливым человеком и транжирой, жаловался на его расточительность и говорил, что все богатства французского короля не способны удовлетворить потребности ученого. Шовингер отвергал полезность хиромантии, к которой Гогенгейм прибегал во время лечения бургомистра. Он считал досужей выдумкой рассказы о наличии у Гогенгейма собственной библиотеки, находящейся в Мюнхене и отличавшейся великолепной подборкой книг.[47] Учитывая двойственное отношение Шовингера к Гогенгейму, предположение, будто он настаивал на более продолжительном пребывании ученого в Санкт-Галлене, представляется маловероятным.