Через пять месяцев после смерти Ивана Грозного были обретены мощи святителя Филиппа и благоговейно перенесены в Соловецкий монастырь, где находились почти семьдесят лет. В 1652 году при участии будущего патриарха Никона святые мощи мученика были торжественно перенесены в Москву, где их покаянно встречал царь Алексей Михайлович вместе с духовенством и москвичами.
Мощи святого мученика были с почетом перенесены на Лобное место, где были выставлены на всенародное поклонение, затем они были перенесены на Соборную площадь, где произошло чудесное исцеление, а затем в Успенский собор, где они стояли еще 10 дней для поклонения, и опять было множество исцелений. После этого святые мощи были торжественно положены в раке именно на том месте, где в 1568 году его схватили опричники. В 1812 году наполеоновские мародеры вскрыли раку святителя Филиппа. Так исполнилось предсказание митрополита Платона, что мощи святого Филиппа явятся, когда враги возьмут Москву.
По преданию, судьба жестоко наказала всех притеснителей митрополита Филиппа. Страшное будущее ждало самого царя Ивана Васильевича, страшна была смерть его старшего сына Ивана, убитого им в припадке дикой ярости, еще более чудовищной была смерть его младшего сына – царевича Дмитрия. Вскоре после убийства митрополита погибает в Ливонской войне и сам Малюта Скуратов, главный опричник царя, оставшийся в народной памяти воплощением лютого злодея, по-собачьи преданного своему государю. После смерти Малюты мучительно расплачиваться за содеянное им зло пришлось его дочери Марии, ставшей женой Бориса Годунова, внуку Федору, который был царем всего два месяца (их зверски убили по приказу Лжедмитрия I), и внучке Ксении Годуновой, ставшей наложницей самозванца, а затем насильно отправленной в далекий северный монастырь.
В 1589 году в Успенском соборе Московского Кремля был избран первый Патриарх Московский и Всея России – митрополит Иов. По свидетельству летописцев, царь Федор Иоаннович произнес торжественную речь и вручил Иову посох митрополита Петра.
В период Смутного времени Иов твердо отстаивал права законных правителей и интересы русского народа. Когда в начале XVII века на Руси объявился самозванец – «чудом спасшийся царевич Дмитрий», претендовавший на царский трон, патриарх Иов разослал по всей стране патриаршие обличительные грамоты, в которых назвал истинное лицо самозванца – Гришка Отрепьев.
Прошло четыре столетия, а историки до сих пор спорят, кем был самозванец Лжедмитрий I. В человеке, несколько месяцев занимавшем русский престол, видели и беглого монаха Чудова монастыря – Гришку Отрепьева, и поляка, и литовца, и внебрачного сына польского короля Стефана Батория, и неизвестного русского авантюриста, и истинного царевича Дмитрия, чудом спасшегося от наемных убийц. Наконец, было высказано мнение о существовании двух Григориев Отрепьевых, из которых один так и остался дьяконом, а другой стал царствовать на Москве.
Сохранилось чудом дошедшее до нас послание самозванца патриарху Иову. Лжедмитрий потешался над проклятием, которому предал его Иов, а также перечислял «заслуги» патриарха: «златолюбие и «властолюбие, лишь прикрытые постом и молитвой». В конце послания самозванец прямо угрожал расправиться с патриархом и всеми, кто его поддерживает. По словам историков, стиль послания, полного церковных славянизмов, указывает на церковную образованность автора и, более того, на его личное знакомство с первосвятителем. А ведь чернец Григорий Отрепьев, по летописным данным, был в прошлом приближен к Иову. Однако были и другие мнения.