Между тем в конце октября 1905 г. Совет министров подтвердил неприкосновенность помещичьей земельной частной собственности. 3 ноября 1905 г. был издан манифест, который, с одной стороны, угрожал наказанием крестьянам за «насилие» и «самоуправство», с другой – провозглашал «мирный и законный путь» к разрешению крестьянского вопроса. Так, с 1 января 1906 г. выкупные платежи сокращались наполовину, а с 1 января 1907 г. отменялись полностью. Также расширялись права Крестьянского банка для массового приобретения помещичьей земли и последующей перепродажи ее крестьянам. Таким образом, наметился принципиально новый путь разрешения аграрного кризиса, чем предполагал С.Ю. Витте. Однако, несмотря на Манифест от 3 ноября 1905 г., не дожидаясь созыва Государственной думы, в ноябре 1905 г. он поручил Н.Н. Кутлеру срочно разработать новый проект «принудительного отчуждения» помещичьей земли. Данный проект и был разработан в ноябре–декабре 1905 г. Принципиально проект Н.Н. Кутлера почти не отличался от проекта П.П. Мигулина, но был более «мягким» для помещиков. Например, основной мерой для расширения крестьянского землевладения объявлялась покупка крестьянами земли через Крестьянский поземельный банк, принудительное же отчуждение помещичьей земли допускалось лишь в том случае, если помещики отказались бы продать свою землю или потребовали бы слишком высокую плату за нее. Также в основание оценки отчуждаемой помещичьей земли бралась арендная плата, в том числе и при краткосрочной аренде. Вне сферы «принудительного отчуждения» оказывалась часть земель, на которых помещики вели собственное хозяйство, то есть у мелких помещиков подлежало изъятию не более 1/5, у средних – 1/3, у крупных – 1/2 площади собственного хозяйства.

В 20-х числах ноября 1905 г., когда слухи о проекте Н.Н. Кутлера широко распространились, на рассмотрение Николая II поступила записка «О недопустимости дополнительного наделения крестьян». Царь одобрил автора резолюцией: «Это умная записка». Есть предложение, что ее автором был В.И. Гурко, которому было поручено создать и возглавить комиссию по согласованию Манифеста от 3 ноября 1905 г. с действующим крестьянским законодательством. Далее, на заседаниях 18 и 25 ноября 1905 г., В.И. Гурко выступил со своей программой ликвидации кризиса крестьянского хозяйства. Главное направление, по его мнению, заключалось не столько в ликвидации малоземелья как такового, сколько в общем подъеме уровня сельскохозяйственной культуры, для чего необходимо было создать среднее землевладение фермерского типа по западно-европейскому образцу. Отличительным признаком такого землевладения В.И. Гурко считал личное участие владельца в ведении хозяйства «хотя бы с помощью наемных рабочих». Таким образом, среднему (фермерскому) землевладению придавалось первостепенное политическое значение, крупному же дворянскому землевладению В.И. Гурко дал отрицательную экономическую оценку. В том же духе выступил и Д.Ф. Трепов. При этом данная позиция представлялась не как личное мнение, а как мнение Министерства внутренних дел, так как этот доклад был первоначально одобрен П.Н. Дурново64.

Выступления В.И. Гурко и Д.Ф. Трепова по существу явились приговором совещанию о мерах к укреплению крестьянского землевладения, так как они расходились с направлением, которое предлагал сам С.Ю. Витте. В январе 1906 г. по его представлению горемыкинское совещание было закрыто, в феврале 1906 г. Комитет по земельным делам как еще «не приступивший к своей деятельности» был распущен. Таким образом, данное Особое совещание, по образному выражению С.Ю. Витте, «ничем не кончилось». Однако главным достижением работы Особого совещания под председательством И.Л. Горемыкина было то, что на нем начал проявляться будущий столыпинский курс реформирования крестьянской общины. Тем более что 16 апреля 1906 г. С.Ю. Витте, который оказался слишком «левым» для того времени, ушел в отставку и дорога к новому курсу в аграрной политике оказалась открытой. Нужен был только человек, который бы взял на себя ответственность за последствия этого курса. Таким человеком и стал П.А. Столыпин, назначенный 26 апреля 1906 г. министром внутренних дел. 8 июля 1906 г. П.А. Столыпин стал председателем Совета министров, сохранив за собой портфель министра внутренних дел. 26 августа в правительственном сообщении он опубликовал обширную программу реформ, где среди прочих нововведений особое внимание уделялось аграрному вопросу. При этом П.А. Столыпин пошел даже против мнения Государственного совета и многих министров своего правительства, которые считали невозможным немедленное проведение реформы без участия Государственной думы.