Новый АПК отнес к подведомственности арбитражных судов и дела о защите деловой репутации в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности независимо от субъектного состава участников спора (например, ответчиком может быть журналист).

С учетом положений Налогового кодекса и некоторых других законов теперь закреплена подведомственность арбитражным судам дел об оспаривании нормативных правовых актов в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности, если федеральным законом это отнесено к компетенции арбитражного суда.

В АПК включено положение, что арбитражным судам подведомственны дела об административных правонарушениях, если федеральным законом их рассмотрение отнесено к компетенции арбитражного суда.

Арбитражные суды в полном объеме рассматривают дела об оспаривании решений третейских судов и о выдаче исполнительных листов на принудительное исполнение решений третейских судов. К подведомственности арбитражных судов отнесены и дела о признании и приведении в исполнение решений иностранных судов и иностранных арбитражных решений по спорам, возникающим при осуществлении предпринимательской и иной экономической деятельности.

По сравнению с прежним АПК произошли изменения в правилах о составе суда. Расширена сфера единоличного рассмотрения судьей дел в первой инстанции, теперь он единолично рассматривает дела о признании недействительными ненормативных актов государственных и иных органов (коллегиальный порядок сохранен по делам об оспаривании нормативных правовых актов). В случаях, установленных законом, допускается и единоличное рассмотрение судьей дел о несостоятельности (банкротстве). Исключено положение о том, что по решению председателя суда любое дело может быть рассмотрено коллегиально.

В АПК предусмотрено рассмотрение определенных экономических споров с участием арбитражных заседателей. Кандидатуру арбитражного заседателя для рассмотрения дела выбирает каждая из сторон из списка, утверждаемого в соответствии с Федеральным законом «Об арбитражных заседателях арбитражных судов субъектов Российской Федерации».

По-новому определена роль в арбитражном процессе прокурора. Он вправе обращаться в арбитражный суд в ограниченном числе случаев, а именно: с оспариванием нормативных и ненормативных правовых актов, нарушающих права и законные интересы организаций и граждан в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности, и с исками, связанными с недействительностью сделок, совершенных органами государственной власти, органами местного самоуправления, государственными учреждениями, а также юридическими лицами, в уставном капитале (фонде) которых есть доля участия Российской Федерации, ее субъектов, муниципальных организаций. Однако наряду с этим предусмотрена вторая, новая форма участия прокурора в деле: по указанным выше категориям дел прокурор вправе вступить в дело, рассматриваемое арбитражным судом, на любой стадии арбитражного процесса с процессуальными правами и обязанностями лица, участвующего в деле.

В числе участников арбитражного процесса АПК называет новые фигуры. Это помощник судьи и секретарь судебного заседания. Помощники судьи были введены в арбитражных судах ранее как работники аппарата судов, являющиеся государственными служащими, для организационной помощи судьям. АПК установлено, что помощник судьи оказывает помощь судье в подготовке и организации судебного процесса и не выполняет функции по осуществлению правосудия. Он может вести протокол судебного заседания и совершать иные прямо указанные в АПК процессуальные действия. Секретарь судебного заседания, как предусмотрено в АПК, должен выполнять традиционные для этой должности функции. Вслед за новым Законом об адвокатуре АПК предусмотрел, что представителями организаций могут выступать только лица, состоящие в штате этих организаций, а также адвокаты. Кроме того, в дополнение к прежним правилам в полномочиях представителя должно быть прямо оговорено его право также на подписание заявления об обеспечении иска, заключение соглашения по фактическим обстоятельствам, на подписание заявления о пересмотре судебных актов по вновь открывшимся обстоятельствам.