Как учреждение, связанное с господствующей идеологией в Советском государстве, Институт неизбежно оказывался втянутым в идейно-теоретические дискуссии. На первых порах разнообразие мнений среди ученых-марксистов было обычным явлением, но к концу 20-х годов ситуация существенным образом изменилась. Диссидентство и вольнодумство в научной среде постепенно искоренялись. Дискуссии приобрели характер политической борьбы с навешиванием ярлыков и последующими оргвыводами. Защита обвиняемыми своей точки зрения рассматривалась как поддержка партийной оппозиции.

Специфика Института Маркса и Энгельса состояла в том, что предмет его занятий был хронологически отдален от текущих политических проблем. Изначально в ИМЭ царил дух академизма, поддерживаемый Рязановым. Ученые Института участвовали в философских дискуссиях. Примером может служить продолжительная полемика, развернувшаяся в 1925 году, когда Рязанов выпустил в свет вторую книгу «Архива К. Маркса и Ф. Энгельса». В ней был впервые напечатан труд Энгельса «Диалектика природы». Спор шел между диалектиками и механистами. Диалектическую позицию отстаивали, в частности, заместитель директора ИМЭ известный философ А. М. Деборин, сотрудники Института И. Луппол, Г. Баммель, а также ответственный работник аппарата ЦК ВКП(б) Я. Стэн. Точку зрения механистов (метода познания, основанного на признании механических форм движения материи) защищали крупные научные авторитеты: И. И. Скворцов-Степанов, А. К. Тимирязев, Л. И. Аксельрод (Ортодокс) и др. Длившаяся четыре года дискуссия закончилась победой диалектиков при участии Коммунистической академии, Института Ленина и других научных учреждений. В период, пока ученые убеждали своих оппонентов в истинности своего метода познания, в политической атмосфере сгустились предгрозовые тучи. Понадобилась политическая оценка взглядов проигравшей стороны. Позиция механистов была осуждена как антимарксистская, антиленинская88.

Это пример того, когда научные подходы руководства ИМЭ совпадали с политической линией ЦК партии. Но бывало и по-другому. В начале 20-х годов в научных кругах возрос интерес к личности Г. В. Плеханова как теоретика марксизма. Этому в значительной степени содействовало издание сочинений Плеханова, предпринятое Институтом Маркса и Энгельса. За период с 1923 по 1927 год было выпущено 24 тома, но издание не было завершено. В декабре 1927 года на XV съезде ВКП(б) И. В. Сталин негативно оценил роль Плеханова после раскола РСДРП, сказав, что он и его сторонники «выпали из тележки партийного руководства, что имело положительное значение для судеб русской революции»89. Это заявление стало тормозом дальнейших научных исследований о Плеханове. Оно послужило также сигналом к атаке на тех историков, которые высоко ставили Плеханова как первого русского марксиста и создателя группы «Освобождение труда».

В условиях острой внутрипартийной борьбы особый надзор осуществлялся в отношении тех авторов, которые поддерживали оппозицию. В 1927 году под огонь критики попал заведующий кабинетом имени Плеханова («История марксизма в России и славянских странах») В. А. Тер-Ваганян, издававший свои работы под фамилией Ваганян. Он являлся одним из ведущих специалистов по начальному периоду социалистического движения в России, в 1924 году на базе материалов ИМЭ выпустил фундаментальный труд о Г. В. Плеханове90. В обстановке политической кампании по разоблачению меньшевизма в рядах большевистской партии против Тер-Ваганяна выступил В. Колоколкин с разгромной брошюрой «История большевизма в социал-демократическом освещении». Он обвинял автора трудов о Плеханове в меньшевизме. Известный ученый был представлен как сознательный и хорошо подготовленный фальсификатор истории большевизма. Суть обвинений, предъявленных Тер-Ваганяну, сводилась к тому, что он изобразил Плеханова центральной фигурой, объединившей разрозненные социал-демократические кружки и группы в единую рабочую партию. Колоколкин считал, что это заслуга Ленина, а не Плеханова, что именно Ленин до II съезда РСДРП проводил последовательную марксистскую линию по отношению ко всем проявлениям оппортунизма. Главная задача критика была не в том, чтобы выявить истину. Важнее было убедить читателя, что Плеханов и Троцкий всегда были идейными противниками большевизма, а Тер-Ваганян, преувеличивая роль Плеханова, с головой выдает себя как троцкиста, следовательно, противника генеральной линии партии.