На новом месте в Китай-городе Разбойный приказ располагался неподалеку от Большой московской тюрьмы, где находилась значительная часть узников, а другие содержались в подвальных помещениях приказа. Известно, что перед воротами приказа находилась площадь, а за ней располагался двор, на котором наказывали преступников и зачитывали царские указы.

Разбойный приказ вырос из боярской комиссии по разбойным делам, которая возглавлялась одним из бояр. В дальнейшем во главе приказа стоял судья, обладавший чином боярина или окольничего, или думного дворянина, или даже печатника, как было в случае с Б. И. Сукиным в 1573–1575 гг. Это неписаное правило несколько раз нарушалось в XVII в., когда данным учреждением руководили стольники кн. И. И. Дашков, кн. М. Л. Плещеев и кн. И. О. Щербатов. И все же, несмотря на редкие исключения, правительство старалось поддерживать обычай, по которому главный судья приказа назначался из состава Боярской думы.

Главе приказа помогал второй судья – человек более скромного происхождения и чина, назначавшийся в XVII в. из стольников, нередко имевших опыт службы сыщика по разбойным делам. Наличие двух судей, как видно из источников, было оправдано тем, что даже если в приказе отсутствовал один из них, то другой мог подменить его без ущерба для деятельности приказа.

В число «начальных» людей также входили два, реже три дьяка. Опираясь на документы второй половины XVII в., можно говорить о том, что дьяки надзирали за работой подьячих, контролировали соблюдение норм судо- и делопроизводства и следили за состоянием казны. Все же ключевые решения принимались судьями, которые слушали дела и по результатам этих слушаний выносили приговоры или указывали на необходимость проведения новых следственных действий.

Многие дьяки и даже некоторые судьи не понаслышке знали о борьбе с преступностью. Приведем некоторые из многочисленных примеров. Так, Григорий Теряев, похоже, был пожалован в дьяки Разбойного приказа прямо из губных старост, подьячий Дмитрий Шипулин в начале 1650 гг. служил с сыщиком П. Шетневым, был пожалован после Рижской службы в дьяки того же приказа, а будущие судьи В. Ф. Извольский и кн. И. И. Дашков в свое время были сыщиками, боровшимися с преступностью в разных уездах по назначению из Разбойного приказа. Таким образом, личный опыт в борьбе с преступностью на местах позволял руководству приказа эффективнее решать стоявшие перед ним задачи.

В непосредственном подчинении у судей и дьяков находились подьячие, на которых ложилось основное бремя делопроизводственной работы. Для суда, контроля и управления многочисленными губными избами требовалось немало канцелярских служащих. Уже в 1620 гг., как отметила Н. Ф. Демидова, «только в трех приказах (Большого прихода, Новгородской четверти и Разбойном) имелось от 22 до 27 человек». Численно эти учреждения превосходил только Разряд, Поместный, Большого и Казенного дворца приказы. Во второй половине XVII в. общее количество подьячих колебалось между 30 и 50, приблизительно треть из которых составляли неверстанные, т. е. служившие без жалования подьячие.

В отличие от судей и дьяков, подьячие часто служили десятилетиями, а потому неудивительно, что они были подлинными знатоками делопроизводства и законодательства. Эти чиновники черпали знания не только из поступавших к ним донесений. Именно подьячие Разбойного приказа часто отправлялись вместе с сыщиками для борьбы с преступностью на местах, случалось, что кого-то из них командировали для проведения следственных действий, например, такое случалось в Московском уезде, а к концу XVII в. некоторое количество старых подьячих регулярно ездило по городам, собирая пошлины и недоимки и занимаясь судебными делами.