Амнистия, провозглашенная на собрании московских бояр, стала своеобразным послесловием к заключительному этапу Смуты, завершившемуся принятием Деулинского перемирия в декабре 1618 г. Что же до выработанных на исходе Смуты методов восстановления деятельности Разбойного приказа и его агентов на местах, то они активно использовались и позднее во время царствования Михаила Федоровича, а со временем даже стали частью административной рутины, получив дальнейшее развитие во второй половине XVII в.

Первые годы после завершения Смуты стали началом нового этапа в истории Разбойного приказа, ознаменовавшегося не только возобновлением деятельности этого учреждения, но и созданием новой редакции Указной книги Разбойного приказа 1616/17 года.

Немаловажным событием стало назначение в 1621 году на пост судьи этого приказа героя Смуты, боярина кн. Д. М. Пожарского. К этому времени Пожарский уже был главой Ямского приказа и, таким образом, совмещал обе важные должности вплоть до 1628 г. До нас дошло немного сведений о его руководстве Ямским приказом: известен принятый Д. М. Пожарским и А. Подлесовым приговор 1620/21 года, возможно, он также имел отношение к двум царским указам 1627 г. о количестве ямских подвод.

Гораздо лучше мы можем представить себе его деятельность во главе Разбойного приказа. Благодаря докладам, сделанным кн. Д. М. Пожарским (что само по себе говорит о проявленной им инициативе) на заседаниях царя и Боярской думы, были приняты 4 законодательных акта, занесенных в Указную книгу приказа.

«Деятельность Пожарского в этом ведомстве (Разбойном приказе – А. В.) отразилась в народном сознании», – так писал историк Ю. М. Эскин, ссылаясь на одну из здравниц, произнесенных комарицким крестьянином в 1624 г., которая сохранилась в материалах «слова и дела»: «Дай господи <…> государь здоров был, а нынче де смиряет воров боярин князь Дмитрий Михайлович Пожарской». Все эти факты довольно красноречиво говорят о той оценке, которую русское общество дало административной деятельности Пожарского.

Известно, что Смута ослабила власть как центрального правительства, так и местных учреждений (впрочем, для последних – в меньшей степени), а равно и степень взаимодействия между ними. В это же время отмечался доставшийся от кризисной эпохи всплеск преступности. Местные органы власти не справлялись с ней, поэтому из Разбойного приказа в течение почти 20 лет после избрания Михаила Романова в помощь посылались сыщики.

Однако экстраординарные средства, становясь массовыми, по определению теряют свою эффективность. Это вынудило правительство принять меры по восстановлению эффективности губных изб.

В 20-х гг. XVII в. началось распространение института губных старост на большую территорию юга России (прежде всего, «польских городов»). Причиной тому могли стать челобитные местных жителей. Происходило усиление власти Разбойного приказа в регионе, ведь ведомство не располагало своими постоянными агентами, а пользовалось услугами сыщиков и воевод.

В это же время из Разбойного приказа направляются указные грамоты с целью восстановления финансирования губных органов и упрочнения их организационных основ.

Вторая четверть XVII в. стала временем проверки Разбойного приказа и губных органов на актуальность: периодически возникал вопрос о необходимости проведения преобразований. Возвращение к базовым нормам функционирования ведомства и его агентов, сложившимся до Смуты, было проблематичным из-за изменившихся жизненных реалий. Изменения в укладе русской жизни первой половины XVII в. привели и к расширению компетенций Разбойного приказа вскоре после составления Соборного уложения. Теперь в компетенцию учреждения попадали и бытовые убийства, ведовство и некоторые другие преступления. Это обусловило необходимость расширения законодательной базы, так как при составлении Соборного уложения использовался Литовский статут и Кормчая книга («градские законы греческих царей»), а последняя даже продолжила использоваться в приказе наряду с Уложением.