В 1159-1160 годы князь укреплял позиции Владимиро-Суздальского княжества, принципиально изменив политические ориентиры отца, мечтая взять под свой жесткий контроль Новгород, где сидел в то время Святослав Ростиславич. Андрей сблизился с Изяславом Давидовичем, который вел упорную борьбу за киевский престол с Ростиславом Мстиславичем, «помолвил свою дочь за его племянника, Святослава Владимировича», помог последнему в борьбе против Святослава Черниговского.

Отпраздновав победу и свадьбу дочери в Волоке Ламском, Андрей отправил в Новгород послов. Они сказали горожанам, что великий князь Владимиро-Суздальский «намерен искать княжения» в их городе. В том же году Андрей послал в Новгород своего наместника. Это заметно усилило великого князя, и он перестал воевать в союзе с Изяславом Давидовичем за киевский престол.

В 1163 году Андрей Боголюбский, проводя жесткую политику централизации власти в своем княжестве, отменил систему уделов. Он правил самостоятельно, не давая братьям городов. Подобная политика не понравилась его родственникам. Не обращая внимания на недовольство, Андрей изгнал из княжества младших братьев Мстислава – Василька и Михаила, а также сыновей своего умершего брата Ростислава Юрьевича и бояр отца, которым были не по сердцу эти нововведения.

Мстислав и Василько Юрьевичи вместе со своей матерью были хорошо встречены императором Византии Мануилом: он дал Васильку Дунайскую область.

Вместе с дружиной Юрия Ярославича, князя Муромского, Андрей совершил поход на волжских (камских) болгар. Русская рать одержала победу в битве против крупного войска противника, князь Владимиро-Суздальский ограбил и сжег много городов, вернулся домой с богатой добычей.

В 1169 году после долгого перерыва Андрей вновь решил принять участие в борьбе за Киев. Теперь, правда, не в качестве воеводы в войске отца, а в качестве военачальника. Он собрал союзников, одиннадцать князей, и повел их на Киев, где на престоле сидел Мстислав Изяславич. Два штурма город выдержал, но 8 марта последовал третий штурм, и Киев пал. Никогда еще Киев не брали силой. Ни русские князья, ни наемники. Обычно в безысходную минуту горожане открывали ворота победителям, чтобы те не позорили город.

Но в тот день все было иначе. Князь Андрей дал волю чувствам и разрешил воинам трое суток грабить город, будто не столица то была Киевской Руси, а чужая, неприятельская крепость. Можно по-разному оценивать этот поступок, по разному его объяснять, но, вероятнее всего, великий князь Владимиро-Суздальский сделал то, что не сегодня так завтра сделал бы другой князь без сожаления. Поводом и в какой-то степени оправданием решительного шага могли служить для Андрея события двенадцатилетней давности, когда после смерти Долгорукого киевляне ограбили, разрушили и опозорили великокняжеский дворец, убили многих бояр из свиты Юрия Владимировича, не разрешили похоронить умершего в родовой усыпальнице. В войске Андрея были родственники тех, над кем жители Киева надругались в 1157 году. Теперь они мстили. Месть – удел слабых. Андрей, взяв на себя ответственность за разорение «матери городов русских», проявил душевную слабость. Месть была неравнозначной тому, что сделали киевляне… Впрочем, надо помнить, что Киев был обречен.

Воины Андрея ограбили город, но этого им показалось мало, и они набросились на монастыри и церкви, не пощадили богатейший храм Софийский и Десятинный, вынесли оттуда «иконы драгоценные, ризы, книги, самые колокола». В 1157 году пострадали дворец Юрия Долгорукого. В 1169 году столице Киевской Руси был нанесен страшный удар, после которого великий город восстановить былую мощь уже так и не смог. Андрей Боголюбский стал «истинным великим князем России», а Владимир – центром политической жизни государства.