В 1928 г. в полное подчинение прокуратуры перешел следственный аппарат, образованный в 1922 г. в составе наркомата юстиции, и органы прокуратуры получили полномочия по расследованию уголовных дел. Более того, с 1929 г. согласно уголовно-процессуальному законодательству прокурор сам наделялся правом принять на себя как производство отдельных следственных действий, так и расследование по любому делу.

На практике доля расследованных органами прокуратуры уголовных дел о контрреволюционных преступлениях была невелика, поскольку это относилось к основной компетенции органов госбезопасности, деятельность которых носила секретный характер.

Вплоть до начала 1950-х годов законы в стране подменялись многочисленными закрытыми для общества государственными и ведомственными секретными нормативными актами. В частности, законодатель, т. е. ВЦИК, считал необходимым регулировать деятельность органов государственной безопасности по борьбе с контрреволюционными преступлениями и осуществление прокурорского надзора за данными органами специальными секретными документами.

Согласно не подлежавшей оглашению части Декрета ВЦИК от 16 октября 1922 г. «О дополнении к постановлениям “о Государственном Политическом Управлении” и “об административной высылке”»[16] функция прокурорского надзора по наблюдению за следствием и дознанием по политическим делам (т. е. по всем делам о контрреволюционных преступлениях) и делам о военном шпионаже ограничивалась исключительно наблюдением за точным соблюдением органами ГПУ положений Декрета ВЦИК от 6 февраля 1922 г. о порядке производства обысков, выемок и арестов[17].

Между тем некоторые положения Декрета от 6 февраля противоречили введенному с 1 августа 1922 г. Уголовно-процессуальному кодексу РСФСР. В частности, в отношении лиц, застигнутых на месте преступления, Государственному политическому управлению и политическим отделам обыски и выемки разрешалось производить без специального постановления, тогда как Уголовно-процессуальным кодексом такого не допускалось. По делам обо всех остальных преступлениях, которые расследовались органами ГПУ, подтверждалась возможность осуществления прокурорского надзора, но с некоторыми особенностями.

Несмотря на положения УПК о немедленном направлении прокурору копии постановления о начале производства следствия, органам ГПУ позволялось сообщить прокурору о возбужденном ими деле в течение двух недель. Вопреки требованиям уголовно-процессуального законодательства органы ГПУ освобождались от обязанности представлять подлежавшие прекращению дела по недостаточности улик или отсутствию состава преступления в суд и к прокурорскому надзору для утверждения.

Дела же о должностных преступлениях, совершенных сотрудниками ГПУ, сосредотачивались исключительно в этих органах. Коллегии ГПУ предоставлялось исключительное право вынесения внесудебных приговоров по делам о таких преступлениях с ведома народного комиссара юстиции. По этим делам, в том числе при разрешении вопросов о мере наказания, обязательно участвовал прокурор республики или его помощник, имевший «в случае несогласия право передачи всего вопроса на разрешение Президиума ВЦИК».

Для наблюдения за деятельностью ГПУ прокурор республики назначал своего специального помощника, а на местах – специальных помощников губернских прокуроров со стажем не менее трех лет политической работы. Сношения органов прокуратуры с ГПУ имели место исключительно через начальников органов ГПУ.

В развитие вышеуказанного Декрета ВЦИК от 16 октября 1922 г. принята секретная Инструкция губернским, военным и военно-транспортным прокурорам по наблюдению за органами ГПУ, подписанная Наркомом юстиции РСФСР и заместителем Председателя ГПУ 1 ноября 1922 г.