Позднее, 9 мая, помощником уполномоченного третьего отделения секретно-политического отдела (СПО) УГБ с согласия и утверждения руководства краевого управления НКВД вынесено постановление о предъявлении обвинения и избрании меры пресечения. В постановлении указывалось, что Карнакова достаточно изобличалась в том, что, будучи враждебно настроенной к советской власти, систематически занималась антисоветской агитацией, в частности, по вопросам убийства Кирова и смерти Куйбышева. Деяния квалифицированы по статье 58.10 УК РСФСР, а мерой пресечения способов уклонения от следствия и суда избрано содержание под стражей. Арест санкционировал заместитель прокурора края.

На следующий день на основании ордера начальника УНКВД по месту ее жительства проведен обыск, в ходе которого изъят личный паспорт, и Нину Ивановну арестовали. Еще через сутки была составлена анкета арестованного, и Карнаковой дали возможность ознакомиться с постановлением о предъявлении обвинения и избрании меры пресечения.

На новом допросе она признала себя виновной лишь в том, что в машинописном бюро говорила о применении органами НКВД пыток к таким злостным преступникам, как Николаев, о чем ранее ей рассказывал недавно умерший знакомый.

Об окончании следствия объявлено 5 июня. Тогда же она ознакомилась с материалами дела и вновь заявила о ложности показаний свидетелей.

Через два дня временно исполнявшим обязанности оперативного уполномоченного первого отделения СПО составлено обвинительное заключение, согласованное с заместителем начальника отдела и утвержденное заместителем начальника краевого УНКВД, а 15 июня оно утверждено заместителем прокурора Горьковского края.

В соответствии с данным документом Нина Ивановна обвинялась в том, что, работая в крайпрокуратуре, среди сотрудников вела антисоветскую агитацию, клеветала на органы НКВД и высказывала контрреволюционные настроения.

На подготовительном заседании Спецколлегии Горьковского краевого суда 26 июня с участием заместителя прокурора края постановлено принять дело к производству, а также утвердить обвинительное заключение, квалификацию и список свидетелей. Мера пресечения оставлена без изменения.

В ходе закрытого судебного заседания с участием защитника 2 июля подсудимая и свидетели остались на своих прежних показаниях. В тот же день Карнакова осуждена к одному году шести месяцам лишения свободы. Обжаловать приговор не стала.

В 1992 г. по заключению прокуратуры Нижегородской области Нина Ивановна Карнакова полностью реабилитирована.

После убийства С. М. Кирова наряду с судебными процессами по делам «Ленинградского» и «Московского» центров в стране развернулись репрессии против бывших зиновьевцев. Последние по обвинению в принадлежности к данным центрам приговаривались к разным срокам лишения свободы или направлялись в ссылку. Арестам подвергались не только оппозиционно настроенные граждане, их родственники и знакомые, но и лица, не имевшие с ними никакой связи.

Более того, в 1936 г. отбывавших лишения свободы Г. Е. Зиновьева и Л.Б. Каменева вернули из лагерей и устроили показательный суд, получивший название процесса «Антисоветского объединенного троцкистско-зиновьевского центра». Их вместе с еще девятью лицами (всего по делу было 16 подсудимых) обвинили в том, что они в соответствии с директивой Л. Д. Троцкого (проживавшего в то время за границей) организовали объединенный троцкистско-зиновьевский террористический центр для совершения убийства руководителей ВКП(б) и советского правительства, а также подготовили и осуществили через ленинградскую подпольную террористическую группу убийство Кирова.